关于结算单能否盖合同专用章的问题，这并非一个简单的“能”或“不能”的答案，而是需要结合具体情况和相关法律规定来综合判断。

首先，我们要明确的是，结算单作为交易过程中的一种重要凭证，其加盖印章的目的是为了证明该结算单上的内容是双方真实意思的表示，具有法律效力。而合同专用章，通常是用于签订合同时加盖的，以证明合同的合法性和有效性。然而，这并不意味着合同专用章只能用于合同，不能用于其他交易凭证。

关键在于加盖印章的人是否具备代表权或代理权。如果加盖合同专用章的人具备对公司的代表权或代理权，那么该结算单对公司就具有法律效力。反之，如果加盖印章的人不具备这些权限，那么即使加盖了合同专用章，该结算单也可能对公司不发生法律效力，这就是我们通常所说的“假人真章”情况。

以您提供的参考信息为例，在苏州市吴中区人民法院审结的那起案件中，李某持一份声称盖某加盖公司公章的内部结算单向公司主张债权，但法院最终驳回了李某的诉讼请求。原因就在于，李某并未提供证据证明盖某在结算单上加盖公司公章时得到公司授权，且李某对盖某无权代表公司确认款项或结算理应知晓。

而在临海市人民法院审结的另一起案件中，虽然结算单未按合同约定加盖公司公章，但法院仍然认定了结算单的法律效力。这是因为，乙公司项目负责人在结算单上签字确认，且其职权涵盖对租赁费用的核对与确认，因此该结算单应作为租金支付义务的有效凭证。

因此，我的建议是：

1. 在加盖合同专用章前，务必确认加盖印章的人是否具备对公司的代表权或代理权。
2. 如果可能的话，最好在结算单上同时加盖公司公章和合同专用章（如果公司有此规定的话），以增加结算单的法律效力。
3. 如果对方拒绝加盖公章或合同专用章，但签字人具备相应的代表权或代理权，且双方对结算内容无异议，那么该结算单仍然可能具有法律效力。但为了保险起见，最好要求对方提供加盖公章或合同专用章的书面确认文件。

总之，结算单能否盖合同专用章并不是绝对的，而是需要根据具体情况和相关法律规定来综合判断。在处理此类问题时，建议咨询专业法律人士的意见，以确保自身权益得到保障。