结论：房子过户后原房东留着扣费是否合法，需根据扣费的具体性质和原因来判断，一般情况下不合法，但若存在特定合法事由则可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下不合法
产权转移后的费用承担原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，房屋过户后，产权即转移至买方。此后，与该房屋相关的费用（如物业费、水电费等）原则上应由买方承担。
- 若原房东在过户后仍擅自扣费，且这些费用本应由买方承担，则原房东的行为构成不当得利，买方有权要求其返还。
合同约定优先：
- 如果在房屋买卖合同中明确约定了过户后某些费用的承担方式，且原房东的扣费行为违反了这些约定，那么原房东的行为显然是不合法的。
- 买方可以依据合同条款，要求原房东承担违约责任，包括返还扣费、赔偿损失等。
二、可能合法的情况
存在未结清的债务或费用：
- 如果在过户前，原房东因房屋产生了某些未结清的债务或费用（如拖欠的物业费、水电费等），且这些债务或费用在过户时未得到妥善处理，那么原房东在过户后扣费可能是为了清偿这些债务。
- 在这种情况下，如果原房东能够提供充分的证据证明这些债务或费用的存在，且买方在过户时对此知情或应当知情，那么原房东的扣费行为可能是合法的。但即便如此，原房东也应通过合法途径（如与买方协商、通过法律程序追讨等）来清偿债务，而不是擅自扣费。
合同中有特别约定：
- 如果在房屋买卖合同中，双方特别约定了过户后原房东可以保留或扣减某些费用（如作为房屋质量保证金的预留部分等），且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么原房东的扣费行为可能是合法的。
- 但这种情况下，合同中的特别约定必须明确、具体，且双方对此均有充分的理解和认可。
三、法律建议
核查合同条款：
- 买方应仔细核查房屋买卖合同中的相关条款，特别是关于费用承担和违约责任的约定。
- 如果发现原房东的扣费行为违反了合同约定，买方应及时与原房东沟通，要求其返还扣费并承担违约责任。
收集证据并寻求法律帮助：
- 如果原房东拒绝返还扣费或双方无法就扣费问题达成一致，买方应收集相关证据（如合同、付款凭证、扣费通知等），并寻求专业律师的法律帮助。
- 律师可以根据具体情况，为买方提供法律咨询、代理诉讼等法律服务，以维护买方的合法权益。
注意保留沟通记录：
- 在与原房东沟通的过程中，买方应注意保留沟通记录（如聊天记录、邮件、短信等），以便在后续的法律程序中作为证据使用。
总结：房子过户后原房东留着扣费是否合法，需根据具体情况来判断。如果买方遇到此类问题，建议及时核查合同条款、收集证据并寻求专业律师的法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。