关于员工自动离职时工资的扣除问题，这确实是一个需要细致分析的情况。首先，要明确的是，用人单位不可以随意扣除员工的工资，但在某些特定情况下，根据法律法规和双方约定，是可以进行合理扣除的。
一、不扣工资的情况
根据《工资支付暂行规定》第九条，如果员工按照法定程序办理离职手续，比如正式员工提前30日以书面形式通知，试用期员工提前3日通知，并且妥善完成了工作交接，那么用人单位应该在解除或终止劳动合同时一次付清员工的全部工资，不得克扣。
二、可能扣工资的情况及限制
因员工过错造成损失：
- 如果员工因为自身原因给用人单位造成了经济损失，根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。这种赔偿可以从员工的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，那么用人单位需要按照最低工资标准支付。
未提前通知且未办理交接：
- 虽然法律没有直接规定这种情况下可以扣工资，但如果员工未提前通知且未办理交接导致用人单位产生了损失，用人单位有权要求员工赔偿。这种赔偿可能涉及从工资中扣除，但同样需要遵循上述的扣除限制。
特殊情况：
- 如果员工未提前30天提出离职，且用人单位不存在《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定的情形（如未提供劳动保护、未及时足额支付劳动报酬等），那么员工的行为属于违法离职。在这种情况下，用人单位应全额支付工资，但可以要求员工承担直接经济损失和招聘费用，扣除时仍需遵循限制。
- 如果公司因为罚款导致员工自离，且罚款行为合法合理，符合民主程序制定并已公示的规章制度，那么公司可以按规定扣除罚款后发放剩余工资，但同样需要遵守扣除限制。如果罚款行为不合法，则不能随意扣工资。
三、维权途径
如果用人单位无故克扣工资或违反扣除限制，员工可以通过劳动仲裁、诉讼等合法途径来维护自己的权益。
四、建议
- 对于员工：在离职前，最好按照法定程序提前通知用人单位，并妥善完成工作交接，以避免不必要的纠纷。
- 对于用人单位：在扣除员工工资前，必须确保有充分的证据证明员工的自动离职行为以及因此造成的损失，并且扣除的金额和方式必须合法合理。同时，建议与员工进行充分沟通，解释扣除的原因和依据。
综上所述，自动离职时工资的扣除情况需要根据具体情形来判断，用人单位应遵守相关法律法规，确保扣除行为的合法性和合理性。员工也应了解自身权益，必要时采取合法手段维护自身利益。