核心结论：遇到贷款当天被扣款但余额不足，后续存入资金却无法手动还款的情况，您可按以下步骤处理：

1. 立即联系贷款机构客服
   首先应第一时间致电贷款机构（如银行、消费金融公司等）的官方客服热线，说明情况并要求人工处理。重点确认：

   • 系统是否已记录您的还款意愿（如扣款失败记录）；
     
   • 机构是否提供“补扣”服务（即后续自动从账户中补扣欠款）；
     
   • 手动还款通道是否因系统延迟暂时关闭（部分机构在扣款日当天会锁定还款渠道）。
     法律依据：根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》第70条，持卡人因特殊原因导致还款失败的，发卡银行应与持卡人协商解决方案。

2. 通过官方渠道尝试多次操作
   若客服表示可手动还款，但您操作失败，可能是系统延迟导致。建议：

   • 间隔1-2小时后重新登录贷款机构APP或网银操作；
     
   • 更换支付方式（如从银行卡还款改为第三方支付平台还款，但需确认是否支持）；
     
   • 检查账户是否被冻结或存在风险限制（如近期频繁大额交易可能触发风控）。
     风险提示：避免通过非官方渠道（如个人转账、第三方代还平台）还款，可能涉及诈骗或资金安全风险。

3. 保留证据并书面申诉
   若因系统故障导致逾期，需立即保存以下证据：

   • 扣款失败通知（短信、邮件或APP截图）；
     
   • 存款记录（银行流水证明资金已到账）；
     
   • 与客服的通话录音或聊天记录。
     随后向贷款机构提交书面申诉，要求撤销逾期记录并免除罚息。若机构拒绝，可向当地银保监会或金融消费权益保护局投诉。
     法律依据：根据《征信业管理条例》第25条，信息主体认为征信机构采集、保存、提供的信息存在错误的，有权向征信机构或信息提供者提出异议。

4. 预防后续风险

   • 设置还款提醒：通过日历或贷款机构APP提前3天设置提醒；
     
   • 开通自动还款：绑定余额充足的银行卡，避免手动操作遗漏；
     
   • 预留充足资金：建议在扣款日前1日将款项存入账户，防止因跨行转账延迟导致扣款失败。
     

特殊情况处理：若贷款机构已将逾期记录上报征信，您可在结清欠款后，向机构申请出具《非恶意逾期证明》，部分银行在审核后可能协助修改征信记录。

如有其他细节需要进一步分析（如贷款类型、具体合同条款等），可直接向我说明，我会结合实际情况为您补充解答。