对于烟花爆竹有经营许可证但违规存储的情况，一般由安全生产监督管理部门进行处罚。以下是详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《烟花爆竹安全管理条例》的相关规定，烟花爆竹的生产、经营、运输和储存等环节都受到严格的监管。对于违规存储烟花爆竹的行为，该条例明确规定了相应的处罚措施。
   • 具体来说，如果烟花爆竹经营企业存在违规存储的行为，如存储数量超过规定、存储条件不符合安全要求等，安全生产监督管理部门将有权对其进行处罚。

2. 处罚措施：

   • 安全生产监督管理部门在发现违规存储行为后，会首先责令企业立即停止违规行为，并限期整改。
   • 如果企业拒不整改或者整改不到位，安全生产监督管理部门将依法对其进行罚款，罚款金额根据违规情节的严重程度而定，可能涉及数万元至数十万元不等。
   • 在严重情况下，安全生产监督管理部门还有权吊销企业的烟花爆竹经营许可证，甚至追究相关责任人的法律责任。

3. 实际案例参考：

   • 假设某烟花爆竹经营企业因存储设施老化、存储数量超标等原因被安全生产监督管理部门查处。经调查核实后，该部门依法对该企业进行了罚款，并责令其限期整改存储设施。如果企业未能在规定期限内完成整改，其烟花爆竹经营许可证可能被吊销。

4. 法律建议：

   • 对于烟花爆竹经营企业来说，务必严格遵守相关法律法规和安全规定，确保存储设施的安全性和合规性。
   • 定期对存储设施进行检查和维护，及时发现并消除安全隐患。
   • 如果遇到安全生产监督管理部门进行检查或处罚，应积极配合并主动整改，以避免更严重的法律后果。

5. 其他注意事项：

   • 除了安全生产监督管理部门外，公安部门、市场监管部门等也可能在特定情况下对烟花爆竹的违规存储行为进行查处。但通常情况下，安全生产监督管理部门是主要的监管和处罚主体。
   • 如果企业认为处罚决定存在错误或不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自身权益。

总结：烟花爆竹经营企业在存储过程中必须严格遵守相关法律法规和安全规定，否则将面临安全生产监督管理部门的严厉处罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。