使用员工手机用老板二维码收款这一行为，从法律角度来看，是存在问题的，可能涉及违法风险，建议立即停止并调整收款方式。以下从公司和员工两个角度详细分析：
对公司的风险
税务风险：
- 公司若通过员工二维码收款而未将收入计入公司账户，将违反《税收征收管理法》的相关规定，可能被视为偷税、漏税行为。税务机关有权追缴税款、滞纳金，并处以不缴或少缴税款的百分之五十以上五倍以下的罚款；情节严重者还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
财务风险：
- 此种收款方式会导致公司财务账目混乱，难以清晰反映真实经营状况，进而影响成本核算、利润分析等财务管理工作。在融资、审计等关键环节，银行或其他金融机构可能因账目不清而拒绝提供贷款或合作，给公司带来资金运作上的困难。
法律合规风险：
- 根据《公司法》，公司应拥有独立的法人财产权，与公司股东、员工的个人财产严格区分。通过员工二维码收款模糊了这一界限，可能导致公司人格混同，一旦涉及法律纠纷，如债务问题，股东可能需要承担连带责任。
信誉与声誉风险：
- 不规范的收款方式会降低公司的信誉和声誉，损害客户对公司的信任，进而影响业务发展和市场拓展。
对员工的风险
个人税务风险：
- 员工个人账户频繁接收公司货款，可能被税务机关误认为是个人收入，从而面临个人所得税的申报和缴纳问题。若未及时处理，员工需承担补税、滞纳金及罚款等责任。
法律风险：
- 员工可能因公司的不规范操作而被卷入法律纠纷中，如公司债务问题导致的个人账户被冻结或执行。此外，如果员工私自挪用货款，还可能构成职务侵占罪等刑事犯罪。根据《刑法》第二百七十一条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，将面临严厉的刑事处罚。
建议措施
- 调整收款方式：立即停止使用员工二维码收款，所有货款应通过公司正规银行账户进行收取和处理，以确保合规运营。
- 加强财务管理：建立健全规范的财务管理制度，确保每一笔交易都有明确的记录和凭证，便于税务申报和审计。
- 定期审计与对账：加强对账和审计工作，及时发现并纠正可能存在的问题，确保财务数据的准确性和透明度。
- 法律培训：对公司员工进行法律知识培训，提高法律意识，防范法律风险，特别是关于税务和职务侵占等方面的法律知识。
综上所述，使用员工手机用老板二维码收款这一行为存在严重的法律和财务风险。为了公司的长远发展和员工的个人利益，建议立即停止这种不规范的操作，并采取相应的措施进行纠正和防范。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。