加班工资差额确实适用仲裁时效，但具体适用情况需根据劳动关系的存续状态来区分。以下是对这一问题的详细解析：

一、一般仲裁时效规定

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第一款的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这一时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。对于加班工资差额的争议，如果劳动者在知道或应当知道加班工资被拖欠之日起一年内未提出仲裁申请，那么可能会面临超过仲裁时效的风险。

二、特殊仲裁时效规定

1. 劳动关系存续期间：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第四款的规定，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（包括加班工资）发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。这意味着，只要劳动者与用人单位之间的劳动关系尚未终止，劳动者可以随时就拖欠的加班工资差额向仲裁机构提出申请，不受一年时效的限制。

2. 劳动关系终止后：

   • 一旦劳动关系终止，劳动者应当自劳动关系终止之日起一年内提出关于加班工资差额的仲裁申请。若超过此期限，除非存在法定的时效中断或中止事由，否则仲裁机构可能会以超过仲裁时效为由不予受理或驳回仲裁请求。

三、仲裁时效的中断与中止

1. 时效中断：

   • 仲裁时效可因以下情形而中断：当事人一方向对方当事人主张权利、向有关部门请求权利救济，或对方当事人同意履行义务。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。例如，如果劳动者在时效期间内向用人单位提出了加班工资差额的主张，或者向劳动监察部门投诉，或者用人单位表示愿意支付拖欠的加班工资差额，那么仲裁时效将重新起算。

2. 时效中止：

   • 因不可抗力或有其他正当理由，导致当事人不能在规定的仲裁时效期间内申请仲裁的，仲裁时效会中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。例如，如果劳动者因重病无法在规定时间内申请仲裁，那么在其病情好转并能够申请仲裁时，仲裁时效将继续计算。

四、实际案例与操作建议

• 实际案例：假设某员工在2019年1月至2023年6月期间在某公司工作，期间存在加班但未获得相应加班工资差额。2023年7月，该员工离职。在此情况下，如果该员工在2024年7月之前（即劳动关系终止后的一年内）提出仲裁申请，要求支付加班工资差额，那么其请求是符合仲裁时效规定的。如果该员工在2024年8月或之后提出仲裁申请，则可能因超过仲裁时效而面临被驳回的风险。

• 操作建议：

  • 及时维权：劳动者应关注自己的权益保护，一旦发现用人单位存在拖欠加班工资差额的行为，应及时采取措施维护自己的合法权益。
  • 保留证据：在申请仲裁前，劳动者应尽可能收集并保留相关证据，如考勤记录、工资条、加班通知等，以证明加班事实及未支付加班工资差额的情况。
  • 了解时效规定：劳动者应充分了解仲裁时效的相关规定，以便在必要时及时提出仲裁申请，避免超过时效期限。

综上所述，加班工资差额确实适用仲裁时效，但具体适用情况需根据劳动关系的存续状态来区分。劳动者在维护自身加班工资权益时，应充分了解并关注仲裁时效的相关规定，及时采取行动并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。