非法经营同类营业罪中非法获利的处理，通常是上交国库，而非返还给公司。以下从不同角度为你详细分析：

法律定性角度

非法经营同类营业罪，是指国有公司、企业的董事、经理利用职务便利，自己经营或者为他人经营与其所任职公司、企业同类的营业，获取非法利益，数额巨大的行为。从法律定性上看，这种非法获利是基于犯罪行为产生的，属于违法所得。根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。”在非法经营同类营业罪中，公司并非该非法获利行为的直接“被害人”（因为该行为本身就损害了公司利益，不存在合法返还的基础），所以这些非法获利应上缴国库。

公司利益保护角度

虽然非法经营同类营业的行为损害了公司的利益，但公司不能直接获得这些非法获利。一方面，公司作为市场主体，其利益受损应通过其他合法途径来弥补，比如可以要求犯罪行为人承担民事赔偿责任，赔偿公司因该犯罪行为所遭受的实际损失，如市场份额减少带来的利润损失、商业机会丧失的损失等。另一方面，如果将非法获利直接返还给公司，可能会引发一些不良后果，例如可能会鼓励公司内部人员通过不正当手段获取利益后再以某种方式“补偿”公司，从而破坏市场的公平竞争秩序和公司的正常管理秩序。

司法实践角度

在司法实践中，对于非法经营同类营业罪的非法获利，法院通常会判决予以追缴并上缴国库。例如，在某起案件中，被告人作为国有企业的经理，利用职务便利，自己经营与所任职企业同类的营业，获取了巨额非法利益。法院在审理该案时，依法认定了被告人的犯罪行为，并将其非法获利予以追缴，上缴国库，同时根据被告人的犯罪情节和给公司造成的损失等情况，判处了相应的刑罚，并告知公司可以通过民事诉讼等途径来主张自己的合法权益，要求被告人赔偿损失。

给你的建议：如果公司遭遇了非法经营同类营业的情况，应及时向公安机关报案，配合司法机关的调查取证工作，以便追究犯罪行为人的刑事责任。同时，公司也可以咨询专业律师，通过民事诉讼等途径，要求犯罪行为人赔偿公司因犯罪行为所遭受的损失。如果你还有其他关于刑事案件或公司法务方面的问题，欢迎直接向我咨询。