大排量摩托车夜间进入市区的处罚需结合具体违法情形确定，常见处罚方式包括罚款、扣分、暂扣或吊销驾驶证、行政拘留等，具体如下：

1. 违反禁令标志指示（如限行规定）
   若市区对大排量摩托车实施全天或特定时段（如夜间）限行，且路段设有明确的禁令标志（如“禁止摩托车通行”），则驾驶人违反禁令标志指示的行为，依据《道路交通安全法》第90条，可处20元以上200元以下罚款，并记3分。若夜间限行属于地方性法规的特别规定（如部分城市为减少噪音污染对摩托车夜间通行限制），处罚依据同上。

2. 未取得通行许可（如需办理通行证但未办理）
   部分城市对摩托车进入市区实行“通行证制度”，若大排量摩托车未按规定申请并取得夜间通行许可，即使未违反禁令标志，也可能因“未按照规定路线、时间通行”被处罚，处罚标准通常为警告或20元以上200元以下罚款，具体以地方性法规为准。

3. 噪音超标或改装排气管
   若大排量摩托车因改装排气管或排气管本身噪音超标，夜间行驶时被认定为“制造噪声干扰他人正常生活”，可能同时违反《治安管理处罚法》第58条，面临警告或200元以上500元以下罚款；若同时存在“驾驶拼装或报废摩托车”等情形，还可能面临吊销驾驶证、强制报废车辆等处罚。

4. 无证驾驶或准驾不符
   若驾驶人未取得摩托车驾驶证（E证）或驾驶与准驾车型不符的车辆（如持C证驾驶摩托车），依据《道路交通安全法》第99条，可处200元以上2000元以下罚款，并记12分、可并处15日以下拘留。

建议：

• 夜间驾驶前务必确认当地对摩托车的限行政策（可通过交警官网、当地法规查询）；
  
• 若需进入限行区域，提前申请通行证；
  
• 避免改装排气管等可能产生噪音的部件，减少被投诉风险。
  

如有具体城市或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合地方性法规为您详细分析。