结论：若法院已判决某股东不是股东，该“股东”要消除工商登记，通常需通过申请变更登记或行政诉讼等途径来实现，具体取决于工商登记部门是否主动依据判决变更登记以及相关方的配合情况。以下从不同角度详细分析：
一、工商登记部门主动依据判决变更登记的情况
- 法律依据与流程
- 根据《公司登记管理条例》等相关规定，公司登记事项发生变更的，公司应当依法向公司登记机关申请变更登记。在法院判决某股东不是股东的情况下，这属于公司股东信息这一登记事项的变更情形。
- 如果工商登记部门在知晓法院判决后，主动依据判决内容启动变更登记程序，那么相对较为简便。工商登记部门会要求公司提供相关的法院判决文书等材料，对公司的股东信息进行核实和变更。公司应积极配合工商登记部门的工作，按照要求提交材料，如公司章程修正案（体现股东变更情况）、股东会决议（如果涉及股东会决议事项的变更）等。
- 公司配合义务
- 公司有义务根据法院判决和工商登记部门的要求，及时办理股东变更登记手续。如果公司不配合，可能会面临工商登记部门的处罚，同时也可能影响公司的正常经营和其他股东的权益。例如，若因未及时变更登记导致新股东无法正常行使股东权利，可能会引发公司内部的纠纷和诉讼。
二、工商登记部门未主动依据判决变更登记的情况
- 申请变更登记
- 提出申请的主体：在这种情况下，该“股东”（即法院判决不是股东的一方）或者公司其他股东、公司本身都可以作为申请人向工商登记部门提出变更登记申请。
- 申请材料：申请人需要向工商登记部门提交法院的生效判决文书原件或经公证的复印件，以证明股东身份的变更情况。同时，还需要按照工商登记部门的要求提交其他相关材料，如公司营业执照副本、法定代表人身份证明等。
- 工商登记部门审查与处理：工商登记部门在收到申请后，会对提交的材料进行审查。如果材料齐全、符合法定形式，且法院判决明确，工商登记部门应当依法办理变更登记手续。如果工商登记部门拒绝办理，申请人可以要求其说明理由，并根据理由采取进一步的措施。
- 行政诉讼途径
- 起诉条件：如果工商登记部门在收到申请后，无正当理由拒绝办理变更登记手续，或者对申请人的申请不予答复，申请人可以向人民法院提起行政诉讼。提起行政诉讼的条件包括：申请人必须是认为工商登记部门的具体行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或者其他组织；有明确的被告（即工商登记部门）；有具体的诉讼请求和事实根据；属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖。
- 诉讼流程：申请人向有管辖权的人民法院提起行政诉讼后，法院会依法受理并进行审理。在审理过程中，法院会对工商登记部门的具体行政行为进行合法性审查，包括审查工商登记部门是否依法履行了审查义务、是否依据法院判决作出了正确的处理等。如果法院认定工商登记部门的具体行政行为违法，会判决撤销该具体行政行为，并责令工商登记部门重新作出具体行政行为，即办理股东变更登记手续。
建议：在整个过程中，建议你保留好所有与法院判决、工商登记申请和沟通相关的文件和证据，以便在需要时能够证明自己的权益和主张。如果遇到工商登记部门不配合或处理不当的情况，及时寻求法律帮助，通过行政诉讼等途径维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况为你提供更详细的法律建议。