结论前置：针对您提出的“已被吊销的营业执照里的股东法院判决不是公司股东如何申请撤销”的问题，核心在于理解股东身份被否认后的法律救济途径及营业执照吊销后的公司清算程序。以下将从股东身份否认的法律后果、营业执照吊销后的公司状态、以及股东如何申请“撤销”（实际为通过法律程序确认非股东身份并处理相关权益）三个角度进行详细分析。
一、股东身份否认的法律后果
股东身份被否认的效力：
- 若法院判决确认某主体不是公司股东，则该主体自判决生效之日起，不再享有股东权利，也不承担股东义务。
- 股东身份被否认后，原“股东”与公司之间的法律关系将发生根本性变化，其不再参与公司利润分配、决策管理等股东活动。
对营业执照吊销的影响：
- 营业执照的吊销是公司行政处罚的一种，主要针对公司违反法律法规的行为。
- 股东身份被否认并不直接影响营业执照的吊销状态，但可能影响公司清算过程中股东权益的分配。
二、营业执照吊销后的公司状态
公司清算义务：
- 根据《公司法》及相关规定，公司被吊销营业执照后，应依法进行清算，以了结公司债权债务关系。
- 清算组由公司股东、董事或股东大会确定的人员组成，负责清理公司资产、编制资产负债表和财产清单、通知并公告债权人等清算工作。
清算过程中的股东权益：
- 在清算过程中，股东有权按照出资比例或股份比例分配公司剩余财产。
- 若股东身份被否认，则原“股东”不再享有分配剩余财产的权利。
三、股东如何申请“撤销”（确认非股东身份并处理相关权益）
确认非股东身份：
- 若法院已判决确认某主体不是公司股东，则该主体无需再申请“撤销”股东身份，判决本身即具有法律效力。
- 若尚未有法院判决，但存在争议，相关主体可向法院提起诉讼，请求确认其非公司股东身份。
处理相关权益：
- 对于原“股东”：
- 若其曾以股东身份参与公司活动并享有权益，现因身份被否认而需退出，可与公司及其他股东协商处理其已投入的资金、资产等。
- 若协商不成，可依法向法院提起诉讼，请求返还其投入的资金、资产或赔偿损失。
- 对于公司及其他股东：
- 应尊重法院判决，不再将原“股东”视为公司股东，并调整公司股东名册、工商登记等相关信息。
- 在清算过程中，按照实际股东情况分配公司剩余财产。
特殊情况下的处理：
- 若原“股东”在公司被吊销营业执照前已实际出资但未办理工商登记，且法院判决确认其非股东身份，其可依据实际出资情况向公司或其他股东主张权益。
- 若公司被吊销营业执照后，原“股东”试图通过非法手段获取公司财产或干扰清算工作，将可能面临法律责任。
法律建议：
- 对于原“股东”而言，若法院已判决确认其非公司股东身份，应尽快与公司及其他股东协商处理相关权益事宜，避免不必要的法律纠纷。
- 对于公司及其他股东而言，应尊重法院判决，及时调整公司股东名册、工商登记等相关信息，并依法进行清算工作。
- 在整个过程中，各方均应遵守相关法律法规，确保自身权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。