司机卖了乘客手机，检察机关一般会根据具体案件情况，从以下几个方面进行处理：

1. 审查证据与事实认定
   检察机关首先会审查公安机关移送的证据材料，包括乘客手机被盗的报案记录、司机供述、监控录像、手机定位或购买记录等，确认司机是否存在盗窃或侵占行为。若证据充分，检察机关会以涉嫌盗窃罪或侵占罪（根据手机价值及行为性质）对司机提起公诉。

2. 区分行为性质

   • 若司机以非法占有为目的，秘密窃取手机（如乘客未察觉时拿走），可能构成盗窃罪。根据《刑法》第264条，盗窃公私财物数额较大（通常1000-3000元以上）或多次盗窃的，可处三年以下有期徒刑、拘役或管制。
     
   • 若司机利用职务便利（如代为保管手机）非法占有，可能构成职务侵占罪（但需注意，职务侵占罪主体通常为公司、企业人员，司机是否适用需结合具体案情）。若数额未达刑事标准，可能按《治安管理处罚法》第49条处罚（盗窃处5-15日拘留，可并处罚款）。

3. 追赃挽损与量刑建议
   检察机关会督促司机退赔乘客损失（如返还手机或赔偿等值金额），这可能影响量刑。若司机自愿认罪认罚、积极退赃，检察机关可提出从宽处理的量刑建议（如缓刑或减轻处罚）。

4. 特殊情形处理

   • 若司机与乘客存在纠纷（如车费争议）后拿走手机，可能被认定为“事出有因”，但非法占有目的仍可能成立，不影响定罪，但量刑时可能酌情考虑。
     
   • 若手机价值极低（如不足当地盗窃数额标准），检察机关可能作出不起诉决定，但司机仍需承担行政责任或民事赔偿责任。

建议：若您是乘客，应尽快报警并保留手机购买凭证、乘车记录等证据；若您是司机，建议主动退赔并配合调查，以争取从轻处理。具体案件需结合细节分析，如有疑问可直接向我咨询。