若犯罪人被判三年有期徒刑并处五万罚金，但未缴纳该罚金，法院会采取以下措施：

1. 强制缴纳
   根据《刑法》第五十三条，罚金应在判决指定的期限内一次性或分期缴纳。若未缴纳，法院会强制执行，包括但不限于：
   

• 查封、扣押、冻结财产：对犯罪人的银行存款、房产、车辆等财产进行查封或冻结，通过拍卖、变卖等方式折抵罚金。
  
• 划拨存款：直接从犯罪人的银行账户中划拨资金至法院账户。
  
• 限制高消费：若犯罪人未履行罚金义务，法院可将其纳入失信被执行人名单，限制其乘坐飞机、高铁、入住星级酒店等高消费行为。
  

1. 延期缴纳或减免
   若犯罪人因不可抗力（如重大疾病、自然灾害）导致经济困难，无法一次性缴纳罚金，可向法院申请延期缴纳或减免。法院会审查其经济状况后决定是否批准。

2. 影响减刑或假释
   根据《最高人民法院关于办理减刑、假释案件具体应用法律的规定》，若犯罪人未履行财产性判项（如罚金），法院在裁定减刑或假释时会从严掌握。例如：

• 减刑幅度受限：原判三年有期徒刑，若未缴纳罚金，可能无法获得最大幅度的减刑（如最多减九个月，而非一年）。
  
• 假释条件更严格：法院可能认为犯罪人未积极履行罚金义务，不符合“确有悔改表现”的假释条件，从而拒绝假释申请。
  

1. 追缴时效
   法院对罚金的追缴不受诉讼时效限制，即使犯罪人服刑完毕，若未缴纳罚金，法院仍可继续执行其财产，直至罚金全部缴纳或确认无财产可供执行。
   

建议：
若犯罪人或家属因经济困难无法一次性缴纳罚金，可主动联系法院说明情况，申请分期缴纳或减免，避免因未履行义务影响减刑、假释或日常生活。如有进一步疑问，可直接向我咨询。