结论：口腔医疗机构把病历原件丢失，在起诉后确定丢失的情况下，法院不一定会直接进行处罚，但医疗机构可能会因此承担不利的诉讼后果，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
法院直接处罚的可能性较低
处罚依据：法院对医疗机构进行处罚，通常需要有明确的法律依据。在病历丢失的情况下，除非医疗机构存在故意隐匿、销毁病历等严重违法行为，且该行为违反了相关法律法规（如《医疗纠纷预防和处理条例》中关于病历管理的规定），否则法院一般不会直接对医疗机构进行处罚。
处罚形式：即使医疗机构存在违法行为，法院的处罚形式也通常是责令改正、警告、罚款等行政处罚，而非在民事诉讼中直接对医疗机构进行处罚。这些行政处罚通常由卫生行政部门作出，而非法院。
医疗机构可能承担不利的诉讼后果
举证责任倒置：在医疗纠纷诉讼中，病历是重要的证据之一。如果医疗机构丢失了病历原件，可能导致其无法提供充分的证据来证明自己的医疗行为没有过错或过错与损害结果之间没有因果关系。根据《民法典》及相关司法解释的规定，此时可能会适用举证责任倒置原则，即由医疗机构承担举证责任，证明其医疗行为与损害结果之间不存在因果关系或其没有过错。如果医疗机构无法完成举证责任，则可能承担不利的诉讼后果。
法院推定过错：在病历丢失的情况下，法院可能会根据案件的具体情况，推定医疗机构存在过错。这种推定是基于医疗机构未能妥善保管病历这一事实，以及病历在医疗纠纷中的重要性而作出的。如果法院推定医疗机构存在过错，则医疗机构可能需要承担相应的赔偿责任。
应对建议
积极沟通：如果医疗机构发现病历丢失，应立即与患者或其家属进行沟通，说明情况并尝试协商解决。这有助于减少纠纷的升级和扩大化。
收集证据：医疗机构应尽可能收集其他相关证据来证明自己的医疗行为没有过错或过错与损害结果之间没有因果关系。这些证据可以包括医疗记录、检查报告、专家意见等。
寻求法律帮助：如果医疗机构无法自行解决纠纷，应及时寻求法律帮助。专业的律师可以为医疗机构提供法律咨询和诉讼代理服务，帮助医疗机构维护自己的合法权益。
总结来说，虽然法院不一定会直接对丢失病历的口腔医疗机构进行处罚，但医疗机构可能会因此承担不利的诉讼后果。因此，医疗机构应高度重视病历的管理和保管工作，确保病历的完整性和安全性。如果遇到病历丢失的情况，应及时与患者或其家属沟通并寻求法律帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。