结论：法院判决有罪但免于刑事处罚后，飞行员是否能继续飞行，需结合具体案情、行业规定及判决内容综合判断，通常面临严格限制甚至职业禁止。以下从法律、行业、实际操作三个角度展开分析：

一、法律层面：免刑不等于无后果，职业限制可能存在

根据《刑法》第三十七条，免于刑事处罚是指法院认定行为构成犯罪，但因情节轻微、社会危害性低等原因，不判处刑罚，但可能同时给予训诫、责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失等非刑罚处罚措施。
关键点：免刑不意味着“无罪记录”，行为人仍有犯罪记录，且法院可能根据案情在判决中明确“禁止从事特定职业”（如《刑法》第三十七条之一规定的“职业禁止”条款）。若判决中未明确禁止，则法律上无直接限制，但需结合行业规定进一步判断。

二、行业层面：飞行员职业资格受严格监管，犯罪记录是核心门槛

飞行员职业资格受《民用航空法》《民用航空驾驶员合格审定规则》（CCAR-61部）等法规严格约束。根据现行规定：

1. 初始申请执照：需满足“无犯罪记录”要求（CCAR-61.13条明确“无危害国家安全、公共安全或违反航空安全的行为记录”）；
   
2. 执照持续有效：需定期接受背景调查，若发现犯罪记录（包括免刑记录），可能被吊销或暂停执照；
   
3. 行业惯例：航空公司内部合规政策通常更严格，即使法律未明确禁止，航空公司可能以“安全风险”为由拒绝录用或停飞。
   案例参考：2021年某航空公司飞行员因危险驾驶罪被免刑，后被民航局吊销执照，理由为“犯罪记录影响飞行安全信誉”。

三、实际操作：需主动申报犯罪记录，隐瞒可能构成更严重违法

若飞行员隐瞒免刑记录，可能面临：

1. 行政处罚：民航局可依据《民用航空安全保卫条例》对隐瞒行为处罚，包括罚款、吊销执照；
   
2. 刑事风险：若隐瞒行为导致飞行事故，可能构成《刑法》第一百三十一条规定的“重大飞行事故罪”共犯；
   
3. 合同违约：与航空公司的劳动合同中通常明确“如实申报犯罪记录”义务，隐瞒可能构成违约，需赔偿损失。
   

建议：

1. 若已获免刑判决：
   
   • 立即向所在航空公司或民航局申报判决情况，主动配合背景调查；
     
   • 咨询专业律师，评估判决中是否包含“职业禁止”条款，或是否可通过法律程序争取继续飞行；
     
   • 考虑转岗至地面支持、培训等无需飞行执照的岗位。
     
2. 若面临类似指控：
   
   • 优先争取“不起诉”或“无罪判决”，避免犯罪记录；
     
   • 若必须接受免刑判决，争取在判决中明确“不禁止从事飞行职业”，为后续申诉留有余地。
     

总结：免刑不等于“无后果”，飞行员职业因涉及公共安全，对犯罪记录的容忍度极低。具体能否继续飞行，需以判决内容、行业调查结果为准，建议主动申报、依法维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。