结论前置：在挂靠公司的情况下，能否申请工伤认定需结合具体的法律关系和实际情况来判断，关键在于确定劳动者与挂靠单位之间是否存在实际劳动关系或相关协议，并依据当地法律法规进行具体分析。以下是从不同角度的详细分析：
一、存在实际劳动关系的情形
劳动关系判断：
- 如果劳动者与被挂靠公司之间存在真实的劳动关系，即劳动者接受被挂靠公司的管理、指挥与监督，并由被挂靠公司支付劳动报酬，那么双方构成劳动关系。
工伤认定流程：
- 在符合《工伤保险条例》规定的工伤认定情形时，如劳动者在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，或患职业病等，劳动者可以通过被挂靠公司向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
举例说明：
- 假设劳动者A实际上在被挂靠公司B工作，接受B公司的管理和薪酬支付。若A在工作过程中受伤，满足工伤认定条件，那么A有权通过B公司申请工伤认定，并享受相应的工伤保险待遇。
二、个人挂靠情形的工伤认定
特殊规定：
- 个人挂靠其他单位对外经营，其聘用的人员因工伤亡的，被挂靠单位为承担工伤保险责任的单位。这一规定旨在保护劳动者的合法权益，确保他们在受伤时能够获得相应的赔偿。
法律依据：
- 最高人民法院《关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条第（五）项明确规定：“个人挂靠其他单位对外经营，其聘用的人员因工伤亡的，被挂靠单位为承担工伤保险责任的单位。”
举例说明：
- 假设个人A挂靠在B公司对外经营运输业务，并聘用了司机C。若C在运输过程中受伤，即使C与B公司无直接劳动关系，B公司作为被挂靠单位仍需承担工伤保险责任，为C申请工伤认定并支付相应的工伤保险待遇。
三、一般情况下的挂靠关系
非正式劳动关系的影响：
- 在一般情况下，由于挂靠关系并非正式的劳动关系，因此挂靠期间发生的伤害可能难以被认定为工伤。工伤认定通常需要满足员工身份、工作时间、工作地点及伤害与工作之间的因果关系等条件。
协议约定的重要性：
- 如果挂靠公司与个人之间签订了明确的协议，并且该协议中规定了双方在工伤方面的权利和义务，那么在某些情况下，挂靠的个人可能能够根据协议条款申请工伤认定和相关的工伤保险待遇。但这一做法的合法性和有效性可能因地区而异，需具体分析。
地区差异与建议：
- 不同地区对于挂靠关系的认定和处理可能存在差异。因此，在面临此类情况时，建议劳动者或企业首先咨询当地的劳动法律专业人士或我（邓刚律师），以获取更准确的法律意见和帮助。同时，保留好相关证据，如劳动合同、工资支付记录、工作证明等，以便在需要时提供证明。
总结与建议：挂靠公司是否能申请工伤是一个复杂的问题，需要根据具体的法律关系和实际情况来判断。在面临此类情况时，建议劳动者或企业及时咨询专业律师（如我，邓刚律师），以便更好地维护自己的合法权益。同时，劳动者应增强法律意识，了解自己的权利和义务，避免在挂靠关系中遭受不必要的损失。