核心结论：员工拿了股权后的处理方式需结合具体情况判断，主要涉及股权激励协议的履行、股权转让合规性、股东权利行使及公司治理规则等角度。以下分情况说明：

1. 若员工通过合法股权激励计划获得股权

• 协议履行：需核查股权激励协议（如期权协议、限制性股票协议）的条款，确认员工是否满足行权条件（如服务年限、业绩目标等）。若满足条件，公司应按协议约定办理股权登记、变更手续；若未满足，公司有权拒绝行权或收回股权。
• 税务合规：员工行权或转让股权时可能涉及个人所得税（如工资薪金所得、财产转让所得），公司需代扣代缴或提示员工自行申报，避免税务风险。
• 公司章程约束：若公司章程对股东资格、股权转让有特殊规定（如需其他股东同意），需按章程履行程序，否则可能引发纠纷。

2. 若员工通过非合法途径（如私自转让、侵占）获得股权

• 法律定性：员工行为可能构成无权处分或侵权。公司可依据《公司法》及《民法典》主张股权归属，要求员工返还股权或赔偿损失。
• 证据固定：需收集股权转让协议、付款记录、公司决议等证据，证明员工未通过合法程序取得股权。
• 救济途径：可通过协商、仲裁或诉讼解决，必要时可申请财产保全防止股权进一步转移。

3. 若员工获得股权后离职

• 回购条款：若股权激励协议约定离职时公司有权回购股权，需按协议价格（如净资产评估值、行权价）执行；若无约定，公司需与员工协商回购价格。
• 竞业限制：若员工掌握商业秘密，公司可在股权激励协议中约定竞业限制条款，要求员工离职后一定期限内不得从事竞争业务，否则需承担违约责任。
• 股东权利限制：公司可通过章程或协议限制离职股东的表决权、分红权等，但需符合《公司法》对股东权利保护的底线要求。

4. 若员工获得股权后行使股东权利影响公司治理

• 章程设计：公司可通过章程规定股东权利行使方式（如表决权代理、一致行动协议），避免员工股权分散导致决策僵局。
• 股东会决议：若员工作为股东参与公司重大决策（如增资、减资、合并），需按《公司法》及章程履行表决程序，公司可提前沟通争取支持。
• 退出机制：为避免股权僵局，公司可在股权激励协议中约定员工股权的强制退出条件（如离职、严重违纪），并明确退出时的估值方法。

建议：公司应提前制定完善的股权激励制度，明确股权授予、行权、退出等全流程规则，并通过协议、章程固定下来。若已发生纠纷，建议根据具体情形选择协商、调解或诉讼解决，必要时可委托律师介入处理。如有进一步问题，可直接向我咨询。