公司以基本工资计算加班费是违法的，这种行为侵害了劳动者的合法权益。下面我将从法律背景、加班费的计算基数、违法后果及应对措施等角度为你详细分析：

法律背景

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资分配应遵循按劳分配原则，实行同工同酬。基本工资是劳动者在正常工作时间内应获得的报酬，而加班费则是劳动者在超出正常工作时间外，因工作需要继续劳动所应获得的额外补偿。具体来说，《劳动法》第四十四条明确规定，对于延长工作时间、休息日工作且不能安排补休、以及法定休假日工作的情形，用人单位需按照不同标准支付高于正常工作时间工资的工资报酬，即分别支付不低于工资的百分之一百五十、百分之二百、百分之三百的工资报酬。

加班费的计算基数

加班费的计算基数应为劳动者本人上月工资扣除加班费后的应发工资数额，即实发工资数额加社会保险费及住房公积金个人承担部分、个税等。实践中，部分单位以“基本工资”或“岗位工资”作为计算加班费的基数，这是不合法的。以山东省为例，《山东省企业工资支付规定》第二十五条明确规定，根据本规定第二十条计算加班工资的工资基数和第二十四条第一款计算劳动者休假工资基数，应当按照劳动者上一月份提供正常劳动所得实际工资扣除该月加班工资后的数额确定。

违法后果

如果用人单位以基本工资计算加班费，实际上是在未足额支付劳动者应得的加班费，这严重侵害了劳动者的合法权益。对此，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 劳动监察投诉：劳动者有权向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门将对用人单位进行调查，并根据调查结果责令用人单位支付拖欠的加班费，甚至可能对用人单位进行处罚。
2. 劳动仲裁与诉讼：若用人单位拒绝支付加班费，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付加班费及相应的经济补偿。如果对仲裁结果不满意，劳动者还可以进一步向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。

实例说明

假设小李的月基本工资为4000元，本月他加班了15个小时（平时加班10小时，周末加班5小时）。按照法律规定，公司应按照小李的正常小时工资标准的1.5倍（平时加班）和2倍（周末加班）支付加班费。如果公司声称这4000元已经包含了加班费，那么这显然是不符合法律规定的。小李有权要求公司按照其正常小时工资标准额外支付15个小时的加班工资，并可以通过上述途径来维护自己的权益。

综上所述，公司以基本工资计算加班费是违法的，劳动者应了解自己的合法权益，并在遇到此类情况时采取适当的措施来维护自己的权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。