检察院对非法经营未及时退赃的处理方式需结合具体案情，但通常包括以下两种核心方向：

1. 退赃作为量刑情节的考量
   根据《刑法》第六十四条及《关于常见犯罪的量刑指导意见》，退赃是重要的量刑从宽情节。若犯罪嫌疑人在侦查、审查起诉或审判阶段主动退赃，检察院可能提出从轻、减轻处罚的量刑建议；若未及时退赃，检察院通常不会因此直接改变罪名或认定犯罪成立与否，但会作为“未积极弥补损失”的情节，在量刑建议中体现为相对较重的刑罚幅度。例如，非法经营罪中，未退赃可能导致基准刑上浮10%-30%。

2. 退赃与认罪认罚从宽制度的关联
   若犯罪嫌疑人签署《认罪认罚具结书》，退赃是体现“认罪悔罪态度”的关键指标。未及时退赃可能导致检察院认为其悔罪表现不充分，从而拒绝适用认罪认罚从宽程序，或提出较重的量刑建议。反之，若在审查起诉阶段补退赃款，检察院可能调整量刑建议，甚至建议适用缓刑（需结合其他情节）。

补充说明：退赃的“及时性”界定
法律未明确“及时”的具体时限，但实践中通常以侦查阶段终结前为关键节点。若在审查起诉阶段退赃，虽仍可能获得从宽，但幅度可能低于侦查阶段；若至审判阶段才退赃，从宽空间进一步缩小，但法院仍会酌情考虑。

建议行动方向
若您或当事人涉及此类情况，建议：

1. 尽快委托律师与检察院沟通，提交退赃计划或实际退赃，争取在审查起诉阶段获得从宽处理；
   
2. 结合非法经营的具体情节（如数额、是否涉及特殊领域等），评估退赃对量刑的实际影响；
   
3. 若经济困难，可与检察院协商分期退赃，或通过缴纳罚金替代部分退赃责任（需以法律允许为前提）。
   

如有进一步案情细节，可向我补充说明，我会为您分析具体风险点。