职务侵占罪主要由公安机关负责处理，具体来说，是由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）进行立案侦查。以下是对这一问题的详细解答：

一、职务侵占罪的立案机关

1. 一般情况：

   • 职务侵占罪属于公诉案件，其立案侦查权归属于公安机关。当公司、企业等单位发现员工存在职务侵占行为，并掌握了足够的证据（如合同、账目记录、聊天记录等）证明犯罪事实达到立案标准时，可直接向犯罪行为发生地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关报案。
   • 公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）是专门负责经济犯罪侦查的机构，他们会接收并调查相关报案，对符合立案条件的案件进行立案侦查。

2. 特殊情况：

   • 对于国有公司、企业或其他国有单位中从事公务的人员，以及由这些单位委派到非国有单位从事公务的人员，若他们实施职务侵占行为，则可能按照贪污罪处理。此时，应向监察机关（在涉及公职人员时，通常指人民检察院的反贪污贿赂部门，但当前监察体制改革后，此类案件多由监察委员会负责）举报，而非公安机关。不过，在大多数非国有单位的职务侵占案件中，仍是由公安机关处理。

二、立案后的处理流程

1. 审查与立案：

   • 公安机关在接到报案后，会对提交的材料进行审查。若认为有犯罪事实需要追究刑事责任，将会予以立案侦查。

2. 侦查取证：

   • 在侦查过程中，公安机关会依法收集、调取各种证据材料，包括物证、书证、证人证言、被害人陈述、嫌疑人供述和辩解等。这些证据将用于后续的起诉和审判工作。

3. 抓捕归案：

   • 若犯罪嫌疑人逃匿，公安机关在立案后将采取相应措施进行抓捕归案，以确保法律的严肃性和公正性。

4. 审查起诉与审判：

   • 公安机关侦查终结后，会将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院对案件进行全面审查后，决定是否向人民法院提起公诉。若提起公诉，人民法院将根据控辩双方提供的证据和法律依据，对被告人是否构成职务侵占罪及应承担的刑事责任作出判决。

三、注意事项

• 报案准备：在报案前，公司应尽可能收集全面、客观的证据材料，以证明犯罪事实的存在和犯罪嫌疑人的身份。这些证据材料对于公安机关的立案侦查和后续的起诉审判工作都至关重要。
• 选择正确的报案途径：对于不同性质的单位（如国有与非国有）和人员（如公务人员与非公务人员），其职务侵占行为的法律性质和立案机关可能有所不同。因此，在报案前，应了解清楚相关法律法规和程序要求，选择正确的报案途径。

总结来说，职务侵占罪主要由公安机关的经济犯罪侦查部门负责立案侦查。在面对此类问题时，公司或个人应充分了解相关法律法规和程序要求，确保报案的准确性和有效性。同时，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。