违法发放贷款罪中损失的认定依据主要包括以下几个方面：

1. 损失的定义与范围：

   • 违法发放贷款罪中的“损失”主要指因违法发放贷款而直接导致的资金无法收回、资产贬值或灭失等经济损害。这包括贷款本金和利息的无法收回部分，即直接经济损失。间接经济损失，如银行信誉受损、客户流失等潜在利益减少，虽然也可能存在，但在司法实践中认定更为复杂，通常不作为主要认定依据，除非能明确证明其与违法发放贷款行为的直接关联性。

2. 损失认定的法律依据：

   • 根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》等相关规定，银行或其他金融机构工作人员违反国家规定发放贷款，造成直接经济损失数额在五十万元以上的（具体标准可能因地区和案件性质有所不同，但五十万元是一个常见的基准线），应予立案追诉。这一规定为损失认定提供了明确的法律标准。

3. 损失认定的时间节点：

   • 损失认定的时间节点通常分为侦查终结前和审判阶段。在侦查终结前，通过处置抵押物、向保证人追偿等手段仍无法收回的贷款部分，可初步认定为实际损失。而在审判阶段，若出现新情况导致贷款收回情况变化，法院将根据实际情况重新认定损失。

4. 扣除范围与计算方法：

   • 在认定损失时，需扣除已收回的本金和利息、抵押物变现价值、保证人代偿金额等。计算方法上，可以采用账面价值法（根据贷款的账面价值计算损失）、市场价值法（评估贷款在市场上的实际价值确定损失）或协商定价法（多方利益协商确定损失金额）。其中，市场价值法更为贴近实际，但需要专业评估机构的参与。

5. 损失认定的程序与注意事项：

   • 损失认定应遵循严格的程序，包括调查取证、专业评估和法律认定等步骤。在认定过程中，需严格区分合法贷款与违法贷款之间的界限，并谨慎考虑借款人恶意逃债、自然灾害等不可抗力因素导致的损失是否应计入违法发放贷款罪的损失范围。通常，这些因素导致的损失不会被直接计入，除非能证明金融机构工作人员在发放贷款时存在过错或故意。

6. 不良贷款与损失的关系：

   • 需要注意的是，不良贷款并不等同于违法发放贷款罪中的损失。不良贷款是银行按照风险程度分类后的次级、可疑和损失类贷款。只有经过合理清收、追偿程序后，确实无法收回的部分，才会被认定为违法发放贷款罪中的损失。

在实际操作中，对于违法发放贷款罪中损失的认定，应综合考虑多个方面的因素和证据。金融机构应建立健全贷款审批与监督机制，加强内部风险管理，以防范金融风险的发生。同时，在面临相关法律问题时，应及时咨询专业律师，以确保自身权益得到妥善维护。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。