在套房里办居家养老院是否合法，这个问题需要结合具体的法律法规和地方政策来综合判断。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，养老机构通常指的是依法办理登记，为老年人提供全日集中住宿和照料护理服务，且床位数达到一定标准的机构。根据新修订的《养老机构管理办法》以及部分地方的具体规定，如安徽省的《安徽省养老机构登记备案和监管办法(试行)的通知》，养老机构的床位数一般要求在10张以上，并需依法进行登记备案。

对于在套房里开办的小型养老机构，如果其床位数未达到上述标准，那么它可能并不构成法律意义上的“养老机构”。然而，这并不意味着在套房里提供养老服务就完全合法。因为，无论规模大小，提供养老服务都需要考虑到对周边居民的影响，以及是否符合城市规划、消防安全、卫生防疫等相关法律法规的要求。

以您提到的具体情境为例，如果在套房里开办的居家养老院未向相关部门备案登记，且经常扰民，导致本栋楼业主怨声不断，那么这种行为很可能违反了相关法律法规和社区规定。在这种情况下，民政部门或其他相关部门有权进行调查，并根据实际情况采取相应的管理措施，包括要求整改、取缔等。

此外，我还想提醒您的是，即使是在套房里提供非全日的、小规模的养老服务，也需要确保服务的质量和安全，尊重并保障周边居民的合法权益。如果可能的话，最好事先与相关部门和社区进行沟通，了解具体的规定和要求，以确保自己的行为合法合规。

综上所述，在套房里办居家养老院是否合法，取决于多个因素，包括床位数、是否依法登记备案、是否符合相关法律法规和社区规定等。因此，我建议您在决定开办之前，先咨询当地民政部门或相关法律专业人士的意见，以确保自己的行为合法合规。