结论：村民恶意堵路导致永久基本农田无法作业荒废三年的行为，可能涉及多个法律层面的责任，包括民事侵权责任、行政责任，甚至可能构成刑事犯罪中的破坏生产经营罪。以下是对此问题的详细分析：
民事侵权责任：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
- 分析：村民恶意堵路，导致永久基本农田无法作业荒废，显然侵害了农田所有者或使用者的合法权益，造成了经济损失。因此，农田所有者或使用者有权要求堵路村民承担民事赔偿责任，包括赔偿因农田荒废而产生的直接经济损失（如农作物减产或绝收的损失）以及可能的间接经济损失（如因农田无法作业而导致的其他经济损失）。
行政责任：
- 法律依据：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对于故意损毁公私财物的行为，公安机关可以给予行政处罚，如罚款、拘留等。
- 分析：虽然堵路行为本身可能不直接等同于损毁公私财物，但如果堵路行为导致了农田的荒废，且这种荒废是由于村民的恶意行为造成的，那么公安机关可以视情况对堵路村民进行行政处罚，以维护社会秩序和公共利益。此外，如果堵路行为涉及占用公共道路或影响交通，还可能违反其他相关行政法规，受到相应的行政处罚。
刑事责任：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十六条的规定，由于泄愤报复或者其他个人目的，毁坏机器设备、残害耕畜或者以其他方法破坏生产经营的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
- 分析：村民恶意堵路导致永久基本农田无法作业荒废三年，如果这种行为是出于泄愤报复或其他个人目的，且情节严重（如造成了较大的经济损失或社会影响），那么堵路村民的行为可能构成破坏生产经营罪，需要承担刑事责任。
建议：
- 对于农田所有者或使用者来说，如果遇到村民恶意堵路导致农田荒废的情况，首先应当收集相关证据（如照片、视频、证人证言等），以证明堵路行为的存在以及由此造成的损失。
- 其次，可以尝试与堵路村民进行协商，寻求和解或赔偿。如果协商无果，可以向当地公安机关报案，要求公安机关进行调查处理。
- 同时，也可以考虑向人民法院提起民事诉讼，要求堵路村民承担民事赔偿责任。如果堵路行为涉嫌犯罪，公安机关立案侦查后，还可以依法追究堵路村民的刑事责任。
后续行动：
- 在处理此类问题时，建议保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语冲突，以免加剧矛盾或引发不必要的法律纠纷。
- 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。