学校违章建筑的管理涉及多个部门，具体由哪个部门负责取决于违章建筑的具体情况和所在区域。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 城乡规划部门

   • 适用情形：如果学校位于城市或镇规划区内，且违章建筑涉及未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设，那么该违章建筑的管理通常由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，此类违法行为由城乡规划主管部门责令停止建设，并根据情况采取限期改正、罚款、限期拆除或没收实物及违法收入等措施。
   • 实例说明：例如，学校在城市市区内擅自改变建设工程规划许可证规定的建筑层数和面积进行建设，即由城乡规划部门进行监管和查处。

2. 乡镇人民政府

   • 适用情形：如果学校位于乡、村庄规划区内，且违章建筑涉及未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设，那么该违章建筑的管理由乡、镇人民政府负责。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，此类违法行为由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正，逾期不改正的可拆除。
   • 实例说明：若学校在村庄规划区内未取得乡村建设规划许可证就自行建设附属设施，乡镇人民政府有权管理和处理。

3. 城市管理综合行政执法部门

   • 适用情形：部分城市通过地方立法或行政授权，将原本由规划部门行使的对违法建筑的行政处罚权等职能集中交由城市管理综合行政执法部门行使。如果学校位于这些城市，且违章建筑属于城市管理综合行政执法部门的管辖范围，那么该部门将负责管理和查处。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，国务院或经其授权的省、自治区、直辖市人民政府可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政处罚权。
   • 实例说明：在大城市中，城管部门常会对城市街道两侧（包括学校周边）未取得许可搭建的违法棚亭等进行查处和拆除。

4. 土地管理部门

   • 适用情形：如果违章建筑涉及非法占用土地，如未经批准或骗取批准非法占用土地进行建设，那么该违章建筑的管理由土地管理部门负责。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，此类违法行为由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并视情况采取限期拆除、没收建筑物、罚款等措施。
   • 实例说明：若学校未经土地管理部门批准擅自占用农用地建设教学设施，即属土地管理部门查处范围。

建议与提醒：

• 在处理学校违章建筑问题时，首先应明确违章建筑的具体情况和所在区域，以便确定具体的管理部门。
• 如果对违章建筑的管理部门存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。
• 学校作为教育机构，应严格遵守相关法律法规，确保校园建设的合法性和合规性，避免因违章建筑而引发不必要的法律纠纷和损失。