结论：超市购物卡设定三个月作废且未使用即失效的做法，是否违法需分情况讨论，主要取决于购物卡的使用条款是否合法合规以及超市是否尽到了相应的告知义务。
分析：
购物卡使用条款的合法性：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，经营者不得以格式条款、通知、声明、店堂告示等方式，作出排除或者限制消费者权利、减轻或者免除经营者责任、加重消费者责任等对消费者不公平、不合理的规定。
- 如果超市在购物卡上明确标注了“三个月作废”的条款，并且这一条款没有违反上述法律规定，即没有不合理地限制消费者的权利或加重消费者的责任，那么该条款在法律上可能是有效的。但关键在于，这一条款是否属于“不公平、不合理”的范畴，这通常需要根据具体情况和当地的市场监管实践来判断。
超市的告知义务：
- 超市在销售购物卡时，有义务向消费者明确告知购物卡的使用条款，包括有效期、使用范围、退换政策等。
- 如果超市没有尽到充分的告知义务，导致消费者在购买购物卡时并不清楚其有效期等关键信息，那么超市可能构成欺诈或误导消费者，消费者有权要求超市承担相应的法律责任。
消费者权益的保护：
- 即使购物卡上标注了“三个月作废”的条款，如果消费者能够证明自己在购买时并不知情，或者该条款存在不公平、不合理之处，消费者仍然可以依法维护自己的权益。
- 消费者可以向当地的市场监管部门投诉，或者通过法律途径（如起诉）要求超市退还购物卡余额或提供其他合理的补偿。
建议：
- 对于消费者：在购买购物卡时，务必仔细阅读并理解购物卡的使用条款，特别是关于有效期的规定。如果对条款有疑问或不满，应及时向超市提出并寻求解决方案。如果超市拒绝解决或解决方案不合理，可以考虑向市场监管部门投诉或寻求法律帮助。
- 对于超市：在制定购物卡使用条款时，应确保条款的合法性和合理性，避免设置不公平、不合理的规定。同时，应充分履行告知义务，确保消费者在购买购物卡时能够清楚了解其使用条款和有效期等关键信息。
可能后果：
- 如果超市的购物卡使用条款被认定为不公平、不合理或超市未尽到告知义务，超市可能面临市场监管部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 消费者也可能通过法律途径要求超市承担相应的法律责任，如退还购物卡余额、赔偿损失等。
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