保密协议并非必须一式两份给员工才生效，但其效力可能因形式瑕疵而受影响，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、保密协议生效的核心要件

1. 内容合法性：保密协议必须明确约定保密事项、保密期限、双方权利义务等关键要素，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。这是保密协议生效的基础。

2. 双方真实意思表示：保密协议应当是双方在自愿、平等、互利的基础上达成的，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。只要双方对协议内容达成一致，并签字或盖章确认，协议即具有法律效力。

二、一式两份形式的意义与影响

1. 形式完备性：从形式上讲，保密协议一式两份，双方各执一份，是更为完备的做法。这有助于明确双方的权利义务，减少后续争议。同时，双方各持一份协议，也便于各自留存和遵循协议约定。

2. 效力瑕疵风险：如果保密协议只让公司留存，员工手中没有，那么这份协议在法律层面的效力可能打折扣。一旦后续产生争议，员工可能难以证明自己清楚且同意协议的具体条款，这会给公司主张保密权利造成一定阻碍。

三、未给员工一份保密协议的实际效力判断

1. 综合判断原则：不能一概而论地判定未给员工的保密协议就毫无效力。实际情况往往比较复杂，需要综合多方面因素判断。例如，双方在实际工作中的履行行为、其他相关证据等。

2. 有效情形：如果公司能够拿出证据，证明已经向员工清楚告知了保密协议的内容，而且双方在实际中也一直遵循保密协议行事，那么这份协议还是有可能被认定为有效的。例如，公司有会议记录表明已向员工详细说明保密协议内容，且双方一直按要求履行。

3. 无效风险：如果公司无法证明已经向员工履行了告知保密协议内容等义务，或者双方在实际中并未按照保密协议的要求去履行，那么这份协议的效力可能会受到质疑。

四、法律建议

1. 规范协议形式：为了避免不必要的麻烦和争议，公司应当尽量确保保密协议能规范地一式两份发放给员工。这样既能体现双方对协议内容的认可与承诺，也能在后续争议中提供有力的证据支持。

2. 完善告知与履行程序：无论协议是否一式两份，公司都应当确保已经向员工履行了告知保密协议内容的义务，并在实际工作中按照协议要求去履行。这有助于增强协议的证明力和可操作性，减少纠纷时的举证困难。

3. 及时咨询专业律师：如果公司在保密协议方面存在疑问或遇到纠纷，应当及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。