关于个体工商户在签订协议时是否需要盖章的问题，这主要取决于协议的具体性质以及相关法律法规的要求，同时也会涉及到实际操作中的一些细节。以下是我为您提供的详细解答：

首先，从法律法规的角度来看，个体工商户在签订正式协议或合同时，通常是需要盖章的。这是因为盖章是确认协议或合同法律效力的一种重要方式，能够证明双方对协议内容的认可和接受。特别是当协议涉及到重要的权利义务关系，如劳动合同、租赁合同等，盖章更是必不可少的环节。

对于您提到的个体工商户与员工签订劳动合同的情况，根据《劳动合同法》的相关规定，个体工商户作为用人单位，与劳动者建立劳动关系时，应当订立书面劳动合同，并且劳动合同需要由用人单位与劳动者在文本上签字或者盖章生效。这意味着，如果个体工商户与员工签订劳动合同，那么合同上必须有个体工商户的盖章，以确保合同的法律效力。

至于您提到的在实习期间需要填写毕业生就业协议书的情况，如果学校要求用人单位在协议书上盖公章，而个体工商户没有公章只有合同章，那么这可能会影响到学校对协议书的审核。因为公章通常代表着一个单位的正式性和权威性，学校可能更倾向于接受盖有公章的协议书。在这种情况下，如果个体工商户确实没有公章，可以考虑去相关部门刻制一个公章，或者与学校沟通，看是否可以接受其他形式的确认方式，如手写签字并附上个体工商户的营业执照复印件等。

另外，关于个体工商户在哪里刻公章的问题，这通常需要前往当地的公安机关指定的刻章点进行刻制。在刻制公章前，个体工商户需要提供相关的证明文件，如营业执照、身份证等，以证明其合法身份和经营资格。

综上所述，个体工商户在签订协议或合同时，通常是需要盖章的，特别是当协议涉及到重要的权利义务关系时。如果个体工商户没有公章，可以考虑刻制一个或者与对方沟通寻求其他确认方式。同时，在刻制公章时，需要前往当地公安机关指定的刻章点进行刻制，并提供相关的证明文件。希望这些解答能够对您有所帮助。