在生成的电子发票上添加备注信息，在符合法律法规及税务机关规定的前提下是合法的。以下从不同角度进行分析：
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》及其相关规定，发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。这里的“栏目”通常包括发票的基本内容，如发票名称、发票代码、号码、开票日期、购销双方信息、商品或服务名称、数量、单价、金额等。备注信息并不属于发票的法定必填栏目，但法律法规并未禁止在发票上添加合理的备注信息，只要这些备注信息不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、社会公共利益或他人合法权益。
税务机关规定层面：
- 税务机关对于发票的开具和管理有具体的规定和要求。在某些特定情况下，税务机关可能要求或允许在发票上添加特定的备注信息，以便于税收征管或满足特定的业务需求。例如，对于差额征税、建筑服务、货物运输服务等特定业务，税务机关可能要求或允许在发票上备注相关信息。在这些情况下，按照税务机关的规定添加备注信息是合法的，也是必要的。
实际操作层面：
- 在实际操作中，许多企业和个人为了满足自身的业务需求或便于管理，可能会在电子发票上添加备注信息。这些备注信息可能包括订单号、合同号、项目名称、客户要求等。只要这些备注信息真实、准确、完整，且不违反法律法规和税务机关的规定，添加备注信息是合法的。但需要注意的是，添加备注信息不应影响发票的清晰可读性和真实性，不应遮挡或覆盖发票上的其他重要信息。