新公司法并未直接规定变更审计机构需要股东会通过。但是，在实际操作中，这一决策通常涉及公司治理结构和内部管理规定，因此往往需要遵循公司章程或相关协议中的约定。

具体来说，如果公司章程或股东协议中明确规定了变更审计机构需要股东会或特定比例的股东同意，那么就必须按照这些规定执行。在这种情况下，变更审计机构就需要经过股东会的审议和表决。

如果公司章程或相关协议中没有明确规定，那么变更审计机构可能就需要根据公司内部的决策机制来进行。这可能涉及董事会、管理层或其他相关机构的决策。但无论如何，决策过程都应该符合公司治理的基本原则，确保决策的科学性、合理性和公正性。

因此，在具体操作中，建议首先查阅公司章程、股东协议以及公司内部的决策机制，以确定变更审计机构是否需要股东会通过。如果有任何疑问或不确定的地方，可以及时向公司法律顾问或专业律师咨询，以确保决策的合法性和有效性。