基于违法行为签订的协议通常是无效的，但具体效力需根据违法程度、条款性质及合同整体目的等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议无效的法律依据与核心原则
根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但该强制性规定不导致民事法律行为无效的除外。同时，违背公序良俗的民事法律行为也无效。这一规定构成了判断协议有效性的核心法律依据。
具体情形包括：
- 违反效力性强制性规定：若协议内容直接违反法律的效力性强制性规定，如买卖毒品、走私等严重违法行为，该协议将被认定为无效，自始没有法律约束力。
- 违背公序良俗：公序良俗涵盖公共秩序和善良风俗。例如，限制他人婚姻自由的协议、约定进行代孕的协议，因严重违背伦理道德和公序良俗，同样会被认定为无效。
二、协议部分无效与整体无效的区分
- 部分无效：
- 如果协议中的违法条款并非合同的关键部分，且可以与其他合法条款相分离，那么根据《民法典》第一百五十六条，合同的其他部分仍然有效。例如，在租赁合同中，若仅租金支付条款涉及偷税漏税等违法行为，该条款无效，但租赁期限、房屋使用等合法条款依然有效。
- 整体无效：
- 若违法条款属于协议的核心内容，或者使得整个合同的目的违反法律法规强制性规定、损害国家利益或社会公共利益，亦或是违背公序良俗，则合同整体无效。例如，以合法形式掩盖非法目的的合同，如名为买卖实为赌博的协议，将因目的违法而被认定为整体无效。
三、协议无效的法律后果
一旦协议被认定为无效，它将自始没有法律约束力。这意味着：
- 财产返还：行为人因该协议取得的财产应当予以返还；
- 折价补偿：不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿；
- 损失赔偿：有过错的一方应赔偿对方因此受到的损失；如果各方都有过错，则各自承担相应的责任。
四、实际指导意义与建议
- 签订前的审查：在签订任何协议之前，务必仔细审查其内容是否合法合规，确保不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗。这是避免协议无效风险的第一步。
- 违法条款的处理：如果发现协议中存在违法条款，应及时与对方协商修改或删除该条款。若对方拒绝修改，应谨慎考虑是否继续签订该协议，以避免可能的法律纠纷和损失。
- 争议解决方式：若因违法条款引发争议，当事人可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将依据法律规定对违法条款进行认定和处理。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖毒品的协议，该协议因违反法律的效力性强制性规定而无效。即使双方已经部分履行了该协议（如甲已支付部分货款），该协议仍然自始无效，且双方需承担因无效协议而产生的法律后果，如财产返还、损失赔偿等。
总结：基于违法行为签订的协议通常无效，但具体效力需根据违法程度、条款性质及合同整体目的等因素综合判断。在签订和履行合同过程中，当事人应高度重视条款的合法性，以确保自身权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。