在签订合同时，公司章和合同专用章均具有法律效力，选择使用哪种印章需根据公司的内部规定、交易习惯以及合同的性质来决定。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律效力方面
公司章：
- 公司章（通常指公章）是代表公司法人主体资格的法定凭证，具有最高的法律效力。它适用于所有公司业务和事务，包括重要合同、法律文件等。加盖公司章即表明公司对合同内容的认可和承担法律责任。
合同专用章：
- 合同专用章是公司为了签订合同而专门刻制的印章，主要用于对外签订各类经济合同。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，加盖合同专用章同样能使合同成立并生效，与公司章具有同等的法律效力。
二、适用场景和使用偏好方面
公司章：
- 更适用于重要、涉及公司重大利益或特殊意义的合同，如并购重组、重大资产处置等。这些合同往往对公司的未来发展具有深远影响，使用公司章可以彰显公司的正式态度和承诺。
- 也常用于授权委托书、承诺书、声明书等其他法律文件，以彰显公司的重视和严肃态度。
合同专用章：
- 适用于日常经济往来和业务活动中的常规性合同，如买卖、租赁、服务等合同。这些合同数量多、频率高，使用合同专用章可以提高合同签订效率，降低管理成本。
- 使用合同专用章还可以避免频繁使用公司章带来的管理风险和不便，同时也有利于防范合同签订过程中的风险。
三、实际操作建议
确认印章的合法性：
- 在签订合同前，应确保所使用的印章已经过合法备案，并且与对方提供的印鉴样本一致。这是保障合同有效性的基础。
明确印章的使用范围：
- 如果公司同时使用公司章和合同专用章，建议在合同中明确约定使用哪种印章作为生效标志。这可以避免后续因印章使用问题产生的争议。
保留相关证据：
- 在签订合同过程中，应妥善保管好与印章使用相关的证据材料，如印章使用登记簿、授权委托书等。这些证据材料在后续可能发生的争议中具有重要的证明作用。
四、特殊情况下的选择
- 对于一些重要或复杂的合同，如涉及重大资产交易、长期合作等，为了显示公司的正式态度和承诺，可能需要加盖公司章。
- 而对于一些日常业务往来中的小额合同或简单协议，使用合同专用章可能更为便捷和高效。
总结来说，在签订合同时，选择使用公司章还是合同专用章应综合考虑公司的内部规定、交易习惯以及合同的性质。无论选择哪种印章，都应确保印章的合法性和有效性，并在合同中明确约定印章的使用范围。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。