结论前置：公司因员工迟到辞退是否合法，主要取决于公司的规章制度是否合法有效、辞退程序是否符合法律规定，以及员工的迟到行为是否达到严重违反规章制度的程度。以下从不同角度进行详细分析：
合法辞退的情形
规章制度合法有效：
- 公司的规章制度中必须明确规定了上班时间、迟到旷工的认定标准以及对应的处罚措施。这些规章制度需通过民主程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度需向员工进行公示或告知，例如组织员工培训学习、在公司内部显著位置张贴公告等。
- 例子：某公司规章制度规定，员工一个月内累计迟到5次及以上视为严重违纪，公司可立即解除劳动合同。该规章制度经过了职工代表大会讨论通过，并向全体员工进行了公示。员工小李在一个月内累计迟到了6次，公司依据此规章制度辞退了小李，这种情况下公司的辞退行为通常是合法的。
严重违反规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。员工的迟到行为需达到规章制度中所规定的“严重违反”的程度。
- 例子：如公司规定一个月内累计旷工3天以上属于严重违反，而员工实际旷工超过此天数，公司有权辞退。
辞退程序符合法律规定：
- 用人单位在解除劳动合同时，需要遵循一定的程序。例如，应提前通知员工，告知其解除劳动合同的原因和依据；对于建立了工会组织的用人单位，还应事先将解除理由通知工会。如果公司按照规定履行了这些程序，那么辞退行为更具合法性。
不合法辞退的情形
规章制度缺失或不合法：
- 公司未制定关于迟到旷工的相关规章制度，或规章制度的制定未经民主程序，或未向员工公示或告知。规章制度内容不合理、不合法，如处罚过重、未提前告知等，也可能导致辞退行为不合法。
- 例子：公司规定员工只要迟到一次就予以辞退，这显然不符合常理和一般的管理实践，这种情况下公司以此为由辞退员工可能是违法的。
迟到旷工未达严重程度：
- 员工的迟到旷工行为尚未达到规章制度中规定的严重违反程度，公司却以此为由辞退员工，这种辞退行为可能不合法。
辞退程序存在瑕疵：
- 若公司未按照法律规定的程序进行辞退，如未提前通知员工、未告知解除原因和依据，或者未通知工会等，即使员工的迟到行为达到了公司规章制度规定的严重程度，公司的辞退行为也可能被认定为违法。
- 例子：公司没有将辞退决定提前告知员工，也没有给予员工申辩的机会，就直接解除了劳动合同，这种行为违反了法定程序，属于违法辞退。
特殊原因导致迟到旷工：
- 员工的迟到旷工是由于不可抗力或特殊原因造成的，如突发疾病、家庭重大变故等，且员工能提供合理证明，公司以此为由辞退员工可能不合法。
特殊群体保护：
- 对于孕妇等特殊群体，公司在解除劳动合同前需更加谨慎，通常不能仅因迟到旷工就辞退，除非满足特定条件并征得工会同意。
经济补偿问题
- 如果员工因迟到旷工被合法辞退，用人单位无需支付经济补偿。
- 如果是违法辞退，用人单位则需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿标准通常根据员工在公司的工作年限和月工资来确定。
总结与建议
在处理以迟到旷工为由的辞退问题时，公司应确保规章制度的合法性和合理性，严格遵循法律法规，并充分保障员工的合法权益。同时，员工也应了解自身权益，如有争议，可通过法律途径维护自己的合法权益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。