结论前置：劳务派遣员工在三年合同到期时怀孕，一般情况下是不可以被辞退的，但也存在一些特殊情况。
详细分析：
一般情况下的保护：
- 根据《劳动合同法》第四十二条的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得依据该法第四十条（无过失性辞退）和第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。这一保护同样适用于劳务派遣关系中的用工单位和劳务派遣单位。
- 这意味着，仅仅因为女职工怀孕，用工单位不得将其退回劳务派遣单位，劳务派遣单位也不得随意辞退该怀孕员工。这是法律对怀孕女职工的特殊保护，旨在保障她们的合法权益和母婴健康。
特殊情况下的例外：
- 严重违反规章制度：尽管怀孕女职工在一般情况下受到法律保护，但如果她严重违反了用工单位或劳务派遣单位的规章制度，如严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害等，那么用工单位有权将其退回劳务派遣单位，劳务派遣单位也可以依法解除劳动合同。这符合《劳动合同法》第三十九条关于过错性辞退的规定。
- 特殊约定：如果劳务派遣合同中明确规定了关于怀孕员工的处理方式，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方可以按照合同约定进行处理。但这种情况较为少见，且必须严格遵循法律法规的规定，不能侵犯怀孕女职工的合法权益。
处理建议：
- 对于劳务派遣单位和用工单位而言，在处理怀孕劳务派遣员工的问题时，应遵循公平、公正、合法的原则，充分保障女职工的合法权益。不得因员工怀孕而随意辞退或退回，否则可能面临法律责任。
- 同时，劳务派遣单位和用工单位也应注意审查劳动合同中的相关条款，确保在合法合规的前提下进行员工管理。如果合同中有关于怀孕员工的特殊约定，应确保这些约定不违反法律法规的强制性规定。
- 对于怀孕的劳务派遣员工而言，如果面临被辞退或退回的风险，应及时咨询专业律师，了解自己的合法权益和维权途径。
后续行动建议：
- 如果你或你身边的人遇到了类似的情况，建议首先与劳务派遣单位和用工单位进行沟通协商，了解他们的具体处理方式和依据。
- 如果沟通协商无果，或者认为自己的合法权益受到了侵犯，可以及时向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 在整个过程中，保留好相关证据材料，如劳动合同、工资单、工作记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。
有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。