对于两个有家庭的国家公职人员男女在酒店开房被警察查房发现的情况，处理方式需结合具体情节和法律规定综合判断，主要分为以下两种情形：

1. 若双方仅为普通婚外同居，未涉及金钱交易或其他违法行为
   根据《治安管理处罚法》第六十六条，卖淫嫖娼需以“金钱交易”为核心要件。若双方无金钱往来，仅因婚外同居被查，通常不构成治安违法，警方可能仅进行批评教育或口头警告，但会记录双方身份信息。
   对公职人员的影响：虽不涉及治安处罚，但根据《公职人员政务处分法》第四十条，公职人员违反社会公德、家庭美德造成不良影响的，可给予警告、记过或记大过处分；情节较重的，降级或撤职；情节严重的，开除。实践中，此类行为可能因社会影响恶劣被单位内部通报或纪律处分。

2. 若双方存在金钱交易或其他违法行为

   • 若被认定为卖淫嫖娼：根据《治安管理处罚法》第六十六条，可处十日以上十五日以下拘留，并处五千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或五百元以下罚款。
     
   • 若涉及组织、强迫、引诱、容留、介绍卖淫等犯罪：根据《刑法》第三百五十八条至第三百六十二条，可能面临刑事处罚，刑期从三年以下到十年以上不等。
     对公职人员的影响：除承担上述法律责任外，根据《公职人员政务处分法》第十四条，公职人员被依法判处管制、拘役、有期徒刑以上刑罚（含宣告缓刑）的，予以开除；若仅受行政处罚，仍可能因“严重违反社会公德”被给予撤职或开除处分。

补充说明：

• 警方查房需有合法手续（如搜查证、治安检查通知等），否则可能涉嫌程序违法，当事人可提出异议。
  
• 若双方主张“恋爱关系”或“自愿同居”，需结合证据（如聊天记录、金钱往来记录等）综合判断是否构成违法。
  
• 公职人员单位可能依据《中国共产党纪律处分条例》或《行政机关公务员处分条例》进行内部追责，与司法程序并行。

建议：若涉及具体案件，需结合证据细节（如是否支付金钱、是否存在强迫行为等）进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询相关法律问题。