纪委将你司的合同和甲方支付给你司的付款单拿走，这一行为可能涉及多个方面的法律意义和后果，以下从几个角度进行分析：

1. 纪委的调查权限与目的：

   • 纪委作为党内监督机构，具有对党员干部及公职人员涉嫌违纪违法行为的调查权。若你司或相关人员涉及与公职人员或党员干部的违纪违法交易，纪委有权依法调取相关证据材料，包括合同和付款单等，以进行调查核实。
   • 纪委的调查目的通常是为了查明事实真相，维护党纪国法的严肃性，以及保护公共利益不受损害。

2. 合同与付款单作为证据的重要性：

   • 合同是双方交易行为的法律凭证，记录了交易的内容、条件、双方的权利义务等关键信息。
   • 付款单则是交易实际发生的直接证据，证明了资金流动的事实和金额。
   • 纪委调取这些材料，很可能是为了核实交易的真实性、合法性，以及是否存在利益输送、贪污腐败等违纪违法行为。

3. 可能涉及的法律后果：

   • 如果调查发现你司或相关人员存在违纪违法行为，如行贿、受贿、贪污等，将可能面临党纪处分、行政处罚甚至刑事追究。
   • 如果交易本身合法合规，但因其他原因（如合同纠纷、税务问题等）被纪委关注，你司应积极配合调查，提供必要证据，以证明交易的合法性和合规性。

4. 你司的应对措施：

   • 保持冷静与配合：首先，你司应保持冷静，积极配合纪委的调查工作，提供所需材料和信息。
   • 内部审查与自查：同时，你司应进行内部审查，自查是否存在违规行为或潜在风险，以便及时整改和防范。
   • 法律咨询与协助：如有必要，你司可以寻求专业律师的法律咨询和协助，以更好地应对调查和处理可能出现的法律问题。

5. 后续关注与法律风险防范：

   • 无论调查结果如何，你司都应加强对合同管理和财务管理的规范性和透明度，以防范未来可能出现的法律风险。
   • 同时，你司应关注相关法律法规的更新和变化，及时调整和完善内部管理制度，确保企业运营的合法性和合规性。

总结来说，纪委将你司的合同和付款单拿走，很可能是为了进行违纪违法行为的调查。你司应积极配合调查，同时加强内部审查和自查，必要时寻求专业律师的法律咨询和协助，以防范和应对可能出现的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。