在评估一个公司的股权过程中，若对方公司不配合提供账册，法院通常会采取以下措施来处理：

1. 责令提交：

   • 法院首先会依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向对方公司发出责令提交账册的命令。这是法院在诉讼过程中，为了查明案件事实，有权要求当事人提供与案件有关的证据材料的一种强制措施。
   • 若对方公司仍不配合，法院可能会进一步采取其他强制措施。

2. 采取强制措施：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，对于拒不履行人民法院已经发生法律效力的判决、裁定的，人民法院可以根据情节轻重予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。虽然此条款直接针对的是判决、裁定的执行，但法院在诉讼过程中，对于拒不配合提供证据的行为，也可参照此精神，采取相应的强制措施，如罚款、拘留等，以促使对方公司配合。
   • 具体到股权评估的情境，若对方公司不配合提供账册，法院可能会对其处以罚款，或者对其法定代表人、直接责任人员予以拘留，以迫使其履行提供账册的义务。

3. 推定不利事实：

   • 在对方公司拒不提供账册的情况下，法院还可以根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的相关规定，推定对方公司所主张的事实不利于其自身。即，若对方公司掌握有账册等关键证据而拒不提供，法院可以推定其主张的股权价值、公司财务状况等事实与其实际不符，从而作出对其不利的判决。

4. 委托第三方机构进行评估：

   • 在对方公司不配合提供账册的情况下，为了保障股权评估的公正性和准确性，法院还可以委托具有资质的第三方机构进行评估。这些机构通常具有专业的评估技术和经验，能够根据现有的证据材料和市场情况，对公司的股权价值进行合理评估。
   • 当然，在委托第三方机构进行评估时，法院也会要求对方公司提供必要的协助和配合，如提供必要的财务资料、业务合同等。若对方公司仍拒不配合，法院可能会根据前述措施对其采取相应的强制措施。

法律建议：

• 对于希望进行股权评估的一方而言，若遇到对方公司不配合提供账册的情况，应及时向法院申请采取上述措施，以保障自身权益。
• 同时，也应积极收集其他相关证据材料，如公司财务报表、业务合同、审计报告等，以辅助股权评估的进行。
• 在整个过程中，建议咨询专业律师的意见和协助，以确保自身权益得到充分保障。

可能后果：

• 若对方公司因拒不配合提供账册而受到法院的强制措施处罚，如罚款、拘留等，将对其声誉和业务运营造成不利影响。
• 同时，若法院推定其主张的事实不利于其自身，并据此作出对其不利的判决，将可能导致其承担更大的法律责任和经济损失。

因此，建议对方公司在面对股权评估等诉讼活动时，应积极配合法院和对方当事人的要求，提供必要的证据材料，以维护自身合法权益和避免不必要的法律风险。若您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。