若在电子税务局提交额度申请时所附合同本身存在问题，后期确实可能面临法律风险，具体风险类型及程度需结合合同问题的性质、税务机关审核情况及后续履行情况综合判断。以下从不同角度展开分析：
一、合同问题可能引发的直接法律风险
税务合规风险
若合同条款存在虚假陈述（如虚构交易金额、伪造交易对象）、违反税收法规（如通过阴阳合同避税）或与实际业务不符，税务机关在审核或后续稽查中可能认定申请材料不实，导致：
- 驳回额度申请；
- 追缴已享受的税收优惠或补贴；
- 处以罚款（如《税收征收管理法》第六十四条规定的“编造虚假计税依据”可处5万元以下罚款）；
- 若涉及偷逃税款，可能构成逃税罪（《刑法》第二百零一条）。
合同效力风险
若合同因主体不适格（如无权代理）、内容违法（如违反强制性规定）或形式不合法（如未签字盖章）被认定无效或可撤销，可能导致：
- 额度申请缺乏合法依据，被税务机关撤销；
- 合同相对方主张权利（如要求支付款项、赔偿损失），引发民事纠纷；
- 若合同涉及关联交易，可能被税务机关调整应纳税所得额（《企业所得税法》第四十一条）。
二、不同阶段的风险表现
申请阶段
- 税务机关审核时发现合同问题，可能要求补正材料或直接驳回申请，导致业务延误；
- 若合同问题涉及虚假材料，可能被列入税务信用黑名单，影响企业后续办税便利度。
后续履行阶段
- 若合同未实际履行或履行与约定不符，税务机关可能要求补缴税款或调整额度；
- 合同相对方可能以“合同目的无法实现”为由解除合同，并要求赔偿损失。
三、风险防范建议
合同审查前置
- 提交前由法律专业人士审核合同条款，确保主体合法、内容真实、无违法违规情形；
- 避免使用模糊表述（如“大约”“左右”），明确交易金额、方式、时间等关键要素。
材料一致性
- 确保合同与发票、资金流水、物流单据等证明材料相互印证，形成完整证据链；
- 若合同需修改，应通过补充协议或重新签订方式完善，避免单方涂改。
主动披露与沟通
- 若合同存在特殊情形（如分期付款、关联交易），可在申请时主动说明并附相关证明；
- 收到税务机关补正通知后，及时配合提供材料，避免消极应对导致风险升级。
若您已提交存在问题的合同，建议立即评估风险等级：
- 若问题轻微（如笔误、非关键条款瑕疵），可主动联系税务机关补充说明；
- 若问题严重（如虚假交易、偷逃税款），需尽快咨询专业律师制定应对方案，避免刑事责任风险。
如有进一步疑问，可直接向我提供合同具体问题及申请场景，我将结合实务经验为您详细分析。