在建设工程领域，施工合同和补充协议均具有法律效力，但具体哪个“更有效果”或优先适用，需根据合同内容、签订时间、双方意思表示及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 合同效力的一般原则

• 施工合同：作为主合同，是双方就工程建设达成的核心协议，明确工程范围、工期、质量、价款等关键条款，是工程实施和结算的基础。
• 补充协议：是对主合同的补充或修改，通常用于细化条款、调整内容或解决争议。根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可以变更合同，因此补充协议与主合同具有同等法律效力。
• 优先顺序：若补充协议与主合同条款冲突，一般以时间在后的协议为准（即“后协议优先”原则），但需以双方真实意思表示为前提。若补充协议明确约定“本协议与主合同不一致的，以本协议为准”，则直接按约定执行。

2. 特殊情形下的效力判断

• 内容合法性：若补充协议涉及违法条款（如降低工程质量标准、逃避监管等），该部分条款无效，但不影响其他合法内容的效力。
• 程序合规性：补充协议需经双方协商一致并签字盖章，若未履行法定程序（如需审批的工程未获批准），可能影响其效力。
• 显失公平或欺诈：若补充协议是在一方受胁迫、欺诈或显失公平的情况下签订，受损害方可请求撤销或变更协议。

3. 实务中的操作建议

• 明确条款关系：在补充协议中明确约定其与主合同的关系（如“补充条款与主合同冲突的，以补充协议为准”），避免争议。
• 保留协商证据：签订补充协议时，建议通过邮件、会议纪要等形式记录协商过程，证明双方真实意思表示。
• 及时履行变更手续：若补充协议涉及工程变更（如设计、工期），需按合同约定或法律规定办理变更审批手续，确保程序合法。

4. 法律后果示例

• 案例1：若施工合同约定工期为12个月，补充协议延长至15个月且未违反强制性规定，则工期按15个月执行。
• 案例2：若补充协议降低材料标准但未明确约定质量责任，发生纠纷时法院可能结合主合同条款和行业规范综合判定责任。

总结：施工合同与补充协议的效力无绝对高低，关键看条款内容、签订程序及双方意思表示。建议签订补充协议时明确条款优先级，并保留完整协商证据。若遇争议，可结合具体条款和法律规定主张权利。如有进一步问题，可直接向我咨询。