如果检察院对交通肇事罪决定不起诉，那么通常情况下是不会留下案底的。不过，具体是否会留下案底，还需根据不起诉的具体类型来详细分析：
法定不起诉（绝对不起诉）：
- 情形：根据《刑事诉讼法》的相关规定，若交通肇事行为存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，检察院会作出法定不起诉决定。
- 结果：由于这些情形下行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下案底。
酌定不起诉（相对不起诉）：
- 情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如肇事后果较轻、积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。不过，此处需特别注意，根据部分律师见解的梳理，酌定不起诉在严格意义上虽未被法院判决有罪，但因行为已构成犯罪，只是基于情节轻微等原因不予刑事处罚，部分观点认为会留有相关记录（但非传统意义上的“案底”，即法院判决有罪的记录）。然而，在大多数实务操作中，酌定不起诉通常不被视为留下案底，因为它未经过法院的审判程序。为避免混淆，我们更倾向于认为，酌定不起诉在常规理解下不会留下传统意义上的案底，但可能存在内部记录或影响政审等情形。
- 建议：为确保权益，若面临酌定不起诉情况，建议咨询专业律师以明确具体影响。
存疑不起诉（证据不足不起诉）：
- 情形：根据《刑事诉讼法》的规定，对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。
- 结果：由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下案底。但若后续发现新证据符合起诉条件并提起公诉，最终被判定有罪，则会留下案底。
额外提醒：
- 尽管检察院的不起诉决定通常不会留下正式的犯罪记录，但相关司法机关可能会保留一些与案件有关的内部管理和监督材料。这些材料不对外公开，除非有特定的法律程序或规定要求，否则不会对个人的日常生活产生直接影响。
- 无论是否留下案底，交通肇事者均需对受害方承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费用、误工费以及可能的精神损害抚慰金等。
总结：
综上所述，如果检察院对交通肇事罪决定不起诉，无论是基于法定不起诉、酌定不起诉还是存疑不起诉的原因，在常规理解下通常都不会留下传统意义上的案底。但为确保自己的权益得到充分保障，并明确具体可能的影响，建议直接向我咨询更详细和准确的法律意见。