借款合同当事人确实可以依法通过书面协议的方式约定管辖法院，但这一约定必须严格遵守相关法律法规对级别管辖和专属管辖的规定。
首先，我们来看法律依据。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或其他财产权益纠纷的当事人有权以书面形式选择管辖法院。这一条款为借款合同中的管辖约定提供了明确的法律支持。借款合同作为合同的一种，其当事人自然也享有这一权利。
在约定管辖时，当事人需要注意以下几点：
书面形式：管辖约定必须采用书面形式，口头约定是无效的。这种书面形式可以是借款合同中的协议管辖条款，也可以是独立于借款合同的书面管辖协议。
与争议有实际联系：当事人选择的管辖法院必须是与争议有实际联系的地点的人民法院。这些地点包括但不限于被告住所地、合同履行地（如借款交付地、还款地等）、合同签订地、原告住所地以及标的物所在地。
遵守级别管辖和专属管辖：当事人在约定管辖时，必须严格遵守法律法规对级别管辖和专属管辖的规定。级别管辖是根据案件的性质、影响范围和诉讼标的金额等因素划分的上下级法院之间的受理权限。专属管辖则是针对某些特定类型的案件，法律规定只能由特定的法院管辖，如不动产纠纷必须由不动产所在地人民法院管辖。
举个例子来说明，如果甲（住所地在A市）与乙（住所地在B市）在C市签订了一份借款合同，并约定在D市交付借款。那么，双方可以在借款合同中书面约定，若发生纠纷，可选择A市、B市、C市或D市的法院管辖。但这一约定不能违反级别管辖和专属管辖的规定，比如不能约定由一个不符合级别管辖要求的法院来管辖，或者约定由一个与不动产纠纷无关的法院来管辖不动产纠纷。
最后，需要强调的是，正确约定管辖法院不仅有助于明确双方的权利和义务，还能在发生纠纷时提高诉讼效率，减少不必要的法律争议。因此，当事人在签订借款合同时，应充分考虑并明确约定管辖法院。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业律师以获取准确指导。