在建设工程施工案件中，实际施工人承担税金的利率认定问题，需结合具体合同约定、法律规定及司法实践综合判断，以下是详细分析：

1. 合同有明确约定时
   若发包人与实际施工人签订的合同中，对税金承担主体及税率有明确约定（如约定“税金按工程结算价的X%由实际施工人承担”），则应优先按合同约定执行。此时，税金利率的认定以合同条款为准，但需注意：

   • 约定税率需符合国家税收法律法规（如增值税税率需在法定范围内）；
     
   • 若约定违反法律强制性规定（如约定免除发包人法定纳税义务），该条款可能被认定无效，此时需按法定税率调整。

2. 合同无明确约定时
   若合同未约定税金承担主体或税率，则需根据以下原则处理：

   • 法定纳税义务：根据《税收征收管理法》《增值税暂行条例》等规定，工程税金（如增值税、企业所得税等）的法定纳税主体通常是承包人或发包人。实际施工人作为非法转包、违法分包中的实际履约方，若未以承包人名义开具发票，可能需自行承担税金，但税率应按法定标准计算（如增值税一般纳税人税率为9%，小规模纳税人征收率为3%）。
     
   • 司法实践倾向：部分法院会参考行业惯例或当地税务部门规定，结合工程性质、实际施工人资质等因素，综合判定税金利率。例如，若实际施工人无纳税资质，法院可能判决由发包人代扣代缴税金，并按法定税率从工程款中扣除。

3. 特殊情形下的调整

   • 实际施工人挂靠情形：若实际施工人挂靠有资质的承包人施工，挂靠协议中约定的税金分担条款可能因违反《建筑法》第26条而无效，此时税金利率仍需按法定标准执行。
     
   • 税务政策变化：若施工期间国家调整税率（如增值税税率下调），已结算工程可能按原税率执行，未结算工程可按新税率调整，但需以税务部门通知或合同约定为准。

建议：

• 实际施工人应在合同中明确约定税金承担主体、税率及调整机制，避免争议；
  
• 发生纠纷时，及时收集合同、发票、税务文件等证据，结合法律规定主张权利；
  
• 若对税金利率认定有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。