在有限公司异议股东股权回购案中，法院确定股权回购金额是一个涉及多方面因素的综合考量过程。以下是对这一问题的详细解答：
一、股权回购金额的确定原则
股权回购金额应以“合理价格”为标准。这一原则要求法院在审理案件时，需综合考虑公司的实际情况、股东的权益以及市场因素等，以确保回购价格的公平性和合理性。
二、确定股权回购金额的具体因素
公司净资产：
- 公司净资产是反映公司整体价值的重要指标。法院在确定股权回购金额时，会参考公司的净资产状况，包括资产总额、负债总额以及所有者权益等。
盈利能力：
- 公司的盈利能力是评估其未来价值的关键因素。法院会考虑公司的历史盈利情况、行业地位、市场前景以及未来盈利能力等，以判断股权的合理价值。
市场价值：
- 如果公司股票在市场上有交易，市场价值将是一个重要的参考依据。法院会关注公司股票的市场价格、交易量以及市场走势等，以反映股权的市场价值。
专业评估：
- 在必要时，法院会委托专业评估机构对公司的股权价值进行评估。评估机构会运用专业的评估方法和模型，综合考虑公司的财务状况、行业特点、市场环境等因素，给出客观、公正的评估结果。
三、法院确定股权回购金额的程序
协商阶段：
- 在提起诉讼前，异议股东应先与公司协商股权回购事宜。双方可以就回购价格进行充分沟通，尝试达成一致意见。
诉讼阶段：
- 如果协商未果，异议股东可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院会组织双方进行举证、质证和辩论，以查明案件事实。
评估与判决：
- 在必要时，法院会委托专业评估机构对股权价值进行评估。评估结果将作为法院判决的重要依据。法院会根据评估结果、双方当事人的陈述和证据等，综合判断并确定股权回购金额。
四、注意事项
保留证据：
- 异议股东在行使股权回购请求权时，应确保自己的异议表达明确，并留存相关证据以备后续使用。这些证据可能包括股东会决议、书面异议、协商记录等。
及时行使权利：
- 异议股东需在规定时间内向公司提出回购请求，并在未达成协议时及时提起诉讼。以免错过法律保护的期限，导致自身权益受损。
专业咨询：
- 在行使股权回购请求权前，建议咨询专业律师以评估胜诉可能性和制定合适的诉讼策略。律师可以提供专业的法律意见和帮助，确保异议股东的权益得到有效维护。
综上所述，法院在确定有限公司异议股东股权回购金额时，会综合考虑公司净资产、盈利能力、市场价值以及专业评估结果等多方面因素。异议股东在行使这一权利时，应充分了解相关法律规定和程序要求，并保留好相关证据，以确保自身权益得到有效维护。