当在职员工选择起诉公司时，公司应当采取一系列合理且合法的步骤来应对这一情况。以下是一个详细的处理流程和建议：

一、了解起诉原因与背景

首先，公司需要明确员工起诉的具体原因和背景。这可能涉及欠薪、工伤、违法解雇、未签订劳动合同等多种劳动争议。通过了解起诉的具体内容，公司可以更有针对性地准备应对策略。

二、审查内部流程与记录

公司应迅速审查与员工争议相关的内部流程、记录和文件，包括但不限于劳动合同、工资单、考勤记录、解雇通知等。这些文件将作为公司应对诉讼的重要证据，有助于公司了解争议的全貌，并评估自身的法律责任。

三、尝试协商与调解

在正式进入诉讼程序之前，公司可以尝试与员工进行协商或调解。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，发生劳动争议时，双方可以首先尝试通过协商或调解解决争议。这不仅可以节省时间和成本，还有助于维护公司与员工之间的良好关系。如果协商或调解成功，双方可以签订和解协议，从而避免进一步的法律纠纷。

四、准备仲裁与诉讼材料

如果协商或调解未能成功，且员工坚持起诉，公司需要准备仲裁与诉讼材料。这包括但不限于答辩状、证据清单、相关证据材料等。在准备这些材料时，公司应确保所有信息的准确性和完整性，并遵循法律程序的要求。

五、参与仲裁与诉讼程序

根据法律规定，劳动争议案件通常需要先经过劳动仲裁程序，才能进入诉讼程序（除非存在工资欠条等特殊情况，可以直接向法院起诉）。因此，公司需要积极参与仲裁程序，按照仲裁委员会的要求提交材料、参加庭审等。如果对仲裁裁决不服，公司还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。

六、遵守法律判决与执行

无论仲裁还是诉讼结果如何，公司都需要遵守法律判决并执行。如果公司败诉，应按照判决要求支付相应的赔偿或履行其他义务。如果公司胜诉，也应确保员工了解判决结果并尊重法律权威。

七、加强内部管理与预防

除了应对当前的诉讼外，公司还应加强内部管理，完善相关制度和流程，以预防类似的劳动争议再次发生。例如，公司可以加强劳动合同管理、完善工资支付制度、加强员工培训等。

八、寻求专业法律支持

在整个处理过程中，公司可以寻求专业法律支持，如咨询律师或法律顾问。他们可以提供专业的法律意见和指导，帮助公司更好地应对诉讼并维护自身权益。

总之，当在职员工起诉公司时，公司应保持冷静、理性应对，并遵循法律程序的要求。通过了解起诉原因、审查内部流程、尝试协商与调解、准备仲裁与诉讼材料、参与仲裁与诉讼程序、遵守法律判决与执行以及加强内部管理与预防等步骤，公司可以有效地应对劳动争议并维护自身权益。