在民间借贷案件中，保证期间和诉讼时效确实会存在疑问和争议，这主要体现在两者的定义、计算方式、法律效果以及相互之间的关系上。以下是对这些疑问和争议的详细分析：
一、保证期间与诉讼时效的定义及区别
保证期间：
- 定义：保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，不发生中止、中断和延长。
- 法律效果：债权人在保证期间内未依法行使权利的，保证责任消灭。
诉讼时效：
- 定义：诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。
- 法律效果：在诉讼时效期间届满后，债务人可以拒绝履行债务，债权人丧失胜诉权。
区别：保证期间是债权人行使权利的期间，而诉讼时效是债权人请求法院保护其民事权利的法定期间。两者在性质、法律效果以及计算方式上均存在显著差异。
二、保证期间与诉讼时效的计算及争议
保证期间的计算：
- 保证期间可以由债权人与保证人约定，约定的期间早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满的，视为没有约定。
- 没有约定或者约定不明确的，保证期间为主债务履行期限届满之日起六个月。
- 争议点：保证期间的起算点、长度以及是否可约定变更等，常常成为当事人争议的焦点。
诉讼时效的计算：
- 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 民间借贷案件中，诉讼时效通常为三年，自还款期限届满之日起计算。
- 争议点：诉讼时效的起算点、中断、中止等情形，以及债权人是否在诉讼时效期间内行使了权利，都是常见的争议点。
三、保证期间与诉讼时效的关系及争议
关系：
- 保证期间是债权人行使权利的期间，而诉讼时效是债权人请求法院保护其权利的法定期间。
- 在保证期间内，债权人需要依法向保证人主张权利，否则保证责任消灭。
- 一旦债权人向保证人主张了权利，且该主张在诉讼时效期间内，则债权人可以请求法院保护其权利。
争议：
- 保证期间与诉讼时效的衔接问题：债权人是否在保证期间内主张了权利，以及该主张是否在诉讼时效期间内，常常成为当事人争议的焦点。
- 保证期间届满后的法律效果：保证期间届满后，保证责任消灭，但债权人是否仍可以基于其他法律关系（如侵权关系）向保证人主张权利，也是争议点之一。
- 诉讼时效中断对保证期间的影响：诉讼时效的中断是否会影响保证期间的计算，以及如何影响，也是实践中存在争议的问题。
四、法律建议
对于债权人：
- 应在保证期间内依法向保证人主张权利，并保留好相关证据。
- 密切关注诉讼时效的起算点和届满时间，确保在诉讼时效期间内行使权利。
对于保证人：
- 应明确保证期间的长度和起算点，以及诉讼时效的相关规定。
- 在保证期间内，如债权人未依法行使权利，可主张保证责任消灭。
对于双方当事人：
- 在签订借款合同时，应明确约定保证期间和诉讼时效的相关条款，以减少后续争议。
- 如发生争议，应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，以及可能的法律后果。
在民间借贷案件中，保证期间和诉讼时效确实会存在疑问和争议。因此，双方当事人在签订借款合同时应明确相关条款，并在发生争议时及时咨询专业律师。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。