申请协议无效的流程会因协议类型的不同而有所差异。以下我将分别就专利无效宣告请求和仲裁协议无效申请两种情况，为您详细介绍申请流程。

一、专利无效宣告请求流程

1. 请求人资格：

   • 请求人应当具备民事诉讼主体资格。

2. 提交材料：

   • 请求人需要提交专利权无效宣告请求书和证据一份。
   • 如果无效宣告请求人是个人，需提供身份证复印件一份；如果是单位，则需提供营业执照复印件并加盖公章一份。

3. 缴纳费用：

   • 请求人自提出无效宣告请求之日起一个月内需要缴纳无效宣告请求费。费用标准根据专利类型不同而有所差异：发明专利3000元，实用新型专利1500元，外观设计专利1500元。
   • 缴费人应当与无效宣告请求有关联性，即缴费收据抬头应为无效宣告请求人或其委托的专利代理机构名称。

4. 无效宣告请求范围、理由和证据：

   • 请求人应当在无效宣告请求书中明确无效宣告请求范围。
   • 无效宣告理由需严格限定于专利法实施细则第六十五条第二款规定的理由，并且请求人应当以专利法及其实施细则中有关的条、款、项作为独立的理由提出。
   • 在复审和无效审理部已就一项专利权作出无效宣告请求审查决定后，请求人不得针对同一专利再以同样的理由和证据提出无效宣告请求，除非所述理由或证据因时限等原因未被审查决定考虑。
   • 如果以授予专利权的外观设计与他人在申请日以前已经取得的合法权利相冲突为理由请求宣告外观设计专利权无效，请求人需要提交证明权利冲突的证据。
   • 请求人应当具体说明无效宣告理由，并结合提交的所有证据进行具体说明。

5. 提交方式：

   • 纸件申请可寄送至：北京市海淀区蓟门桥西土城路6号，国家知识产权局专利局复审和无效审理部，邮编100088。

二、仲裁协议无效申请流程（以案例说明）

以王某申请确认仲裁协议无效案为例：

1. 提出异议：

   • 当事人在仲裁审理过程中，如果对仲裁协议的效力有异议，可以向仲裁庭提交管辖权异议申请。

2. 仲裁机构决定：

   • 仲裁机构会受理管辖异议并作出决定。例如，在北京仲裁委员会受理的王某案中，仲裁庭认为北京仲裁委员会对该案有管辖权，并作出了书面决定。

3. 法院处理：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释，仲裁机构对仲裁协议的效力作出决定后，当事人向人民法院申请确认仲裁协议效力或者申请撤销仲裁机构的决定的，人民法院不予受理。
   • 因此，在王某案中，由于北京仲裁委员会已经对管辖异议作出决定，王某无权再向人民法院提出同样内容的申请，法院会驳回其申请。

总结与建议：

• 对于专利无效宣告请求，请求人需要严格按照规定的流程和要求准备材料、缴纳费用，并明确无效宣告请求的范围、理由和证据。
• 对于仲裁协议无效申请，当事人应首先向仲裁机构提出管辖权异议，并尊重仲裁机构的决定。如果仲裁机构已经对仲裁协议的效力作出决定，当事人通常无权再向人民法院提出同样内容的申请。
• 在整个申请过程中，建议当事人咨询专业的法律人士或机构，以确保申请的合法性和有效性。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。