结论：在女方生完孩子后查出患有重大疾病，男方起诉离婚的情况下，法院不一定会判决离婚，这取决于多种因素，包括双方感情是否确已破裂、是否存在法定离婚情形等。
详细分析：
法定离婚情形的考量：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，离婚的法定情形主要包括感情确已破裂、重婚或与他人同居、实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员、有赌博、吸毒等恶习屡教不改、因感情不和分居满二年等。
- 在女方生完孩子后查出患有重大疾病的情况下，这并不直接构成上述法定离婚情形。因此，法院在判决时，会重点审查双方感情是否确已破裂，以及是否存在其他法定离婚情形。
女方患病对离婚判决的影响：
- 女方在生育后查出患有重大疾病，这通常被视为对家庭有重大影响的事件。法院在判决时，会考虑女方的身体状况、治疗需要以及家庭责任等因素。
- 如果男方在女方患病期间提出离婚，法院可能会更加谨慎地审查双方的感情状况，以及男方是否尽到了作为丈夫的扶养义务。如果男方未能尽到扶养义务，或者双方感情并未确已破裂，法院可能会判决不准离婚。
法院判决的灵活性：
- 法院在判决离婚案件时，具有较大的灵活性。除了考虑法定离婚情形外，还会综合考虑双方的经济状况、子女抚养问题、社会影响等因素。
- 在女方患病的情况下，法院可能会倾向于保护女方的权益，尤其是如果女方在婚姻期间对家庭有较大贡献，或者患病后需要长期治疗和照顾。
法律建议：
- 如果男方坚持要离婚，建议双方先尝试通过协商解决分歧，尤其是关于子女抚养和财产分割等问题。
- 如果协商无果，男方可以依法向法院提起离婚诉讼。但在此过程中，应尊重女方的权益，尽到作为丈夫的扶养义务，并准备好相关证据证明双方感情确已破裂或存在其他法定离婚情形。
- 女方在面对离婚诉讼时，也应积极维护自己的权益，包括寻求法律援助、准备相关证据证明自己的身体状况和家庭贡献等。
可能后果：
- 如果法院认为双方感情并未确已破裂，或者男方未能尽到扶养义务，可能会判决不准离婚。
- 如果法院认为双方感情确已破裂，或者存在其他法定离婚情形，可能会判决准予离婚，并同时处理子女抚养和财产分割等问题。
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