房屋抵扣工程款的法律依据主要涉及《中华人民共和国民法典》中关于合同、债权转让及建设工程合同的相关规定。具体分析如下：

1. 合同自由原则与债权转让
   根据《民法典》第465条（合同效力）和第545条（债权转让），若发包方与承包方在建设工程合同中明确约定“以房屋抵扣工程款”，或双方事后达成书面补充协议，该约定属于双方真实意思表示，不违反法律强制性规定，合法有效。此时，工程款债权转化为房屋交付请求权，双方需按约定履行。

2. 建设工程合同特殊规定
   《民法典》第788条明确建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。若房屋系发包方所有或有权处分，且抵扣价格合理（通常参考市场价或评估价），则符合《民法典》第143条（民事法律行为有效要件）的要求。但需注意：

   • 若房屋存在权属争议（如未取得产权证、被查封等），可能导致合同履行不能；
     
   • 若抵扣价格显著低于市场价，可能涉及显失公平，承包方可依据《民法典》第151条主张撤销。

3. 以物抵债的效力认定
   根据《民法典》及相关司法解释，以房屋抵扣工程款属于“以物抵债”协议。若协议签订时原债务（工程款）已到期，且房屋已实际交付或办理过户登记，则抵债行为有效；若未过户，承包方可依据《民法典》第215条（物权变动与合同效力区分）要求发包方履行过户义务，或主张原工程款债权。

实务建议：

• 签订书面协议，明确房屋信息（地址、面积、产权证号）、抵扣金额、过户时间及违约责任；
  
• 核查房屋权属状态，避免因查封、抵押等导致无法过户；
  
• 保留工程款结算依据（如验收单、结算报告），以证明债权金额与抵扣金额的对应关系。
  

若涉及具体操作或纠纷，可进一步向我说明细节，我会结合案例为您分析风险点。