结论：房屋权属不清的以房抵债协议，其效力需根据具体情况判断，可能无效、部分有效或有效但存在履行障碍。以下从不同角度详细分析：
一、协议无效的情形
违反法律强制性规定：
- 根据《民法典》的相关规定，如果以房抵债协议违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议将被认定为无效。例如，如果房屋本身属于违法建筑，或者存在其他法律上的禁止转让情形，那么以此房屋为标的的抵债协议自然无效。
恶意串通损害他人利益：
- 如果双方当事人在签订以房抵债协议时存在恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的情况，那么该协议也将被认定为无效。例如，债务人为了逃避债务，与债权人恶意串通，将本不属于债务人的房屋（如共有房屋中债务人无权处分的部分）抵债给债权人，这种行为就损害了其他共有人的利益。
二、协议部分有效的情形
房屋权属部分清晰：
- 如果房屋权属部分清晰，部分不清，那么以房抵债协议中涉及权属清晰部分的条款可能是有效的，而涉及权属不清部分的条款则可能无效。例如，房屋为债务人与第三人共有，债务人仅对其享有的份额有权处分，那么以房抵债协议中涉及债务人份额的部分可能是有效的，而涉及第三人份额的部分则无效。
协议内容可分割：
- 如果以房抵债协议的内容可以分割，即协议中的各项条款相对独立，不互相依赖，那么即使部分条款因房屋权属不清而无效，也不影响其他条款的效力。例如，协议中除了以房抵债的条款外，还约定了债务人需支付一定金额的违约金，那么即使以房抵债的条款无效，违约金条款仍可能有效。
三、协议有效但存在履行障碍的情形
房屋权属存在争议：
- 如果房屋权属存在争议，但尚未经过法律程序确认权属归属，那么以房抵债协议在形式上可能是有效的。然而，在实际履行过程中，可能会因为房屋权属不清而面临障碍。例如，债权人可能无法顺利办理房屋过户手续，或者即使办理了过户手续，也可能面临被原房屋所有权人追索的风险。
协议履行需依赖第三方行为：
- 如果以房抵债协议的履行需要依赖第三方的行为（如房屋共有人同意出售、抵押权人同意解除抵押等），而第三方拒绝配合或提出不合理条件，那么协议的履行也可能面临障碍。在这种情况下，虽然协议本身可能有效，但债权人可能无法通过诉讼等方式强制要求第三方履行义务。
法律建议
在签订以房抵债协议前，务必对房屋的权属进行充分调查：了解房屋是否存在权属争议、是否已被抵押或查封等情况，以确保协议的合法性和可履行性。
如果房屋权属存在争议或不清，建议先通过法律程序确认权属归属：在权属明确后再签订以房抵债协议，以降低法律风险。
在协议中明确约定违约责任和争议解决方式：以便在协议履行过程中出现问题时能够及时解决纠纷，保护自身合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。