当甲方（这里我们理解为采购人或相关供应商）对评标结果存在疑问时，可以按照以下步骤进行处理：
一、提出质疑
质疑条件：根据《中华人民共和国政府采购法》第五十二条，供应商（包括甲方如果作为供应商参与）认为采购文件、采购过程和中标、成交结果使自己的权益受到损害的，可以在知道或者应知其权益受到损害之日起七个工作日内，以书面形式向采购人提出质疑。
质疑内容：质疑应当有明确的请求和必要的证明材料，以支持其质疑的合理性。质疑内容应具体、明确，并针对评标结果中的具体问题。
质疑形式：质疑应以书面形式提出，并由法定代表人、主要负责人签字或者盖章，并加盖公章，以确保质疑的正式性和有效性。
二、等待答复
答复期限：采购人应当在收到供应商的书面质疑后七个工作日内作出答复，并以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商。
答复内容：答复内容应针对质疑的具体问题，给出明确的解释和说明。答复不得涉及商业秘密，以确保信息的公开透明。
三、不满意答复的处理
提起投诉：如果质疑供应商对采购人的答复不满意，或者采购人未在规定的时间内作出答复，质疑供应商可以在答复期满后十五个工作日内向同级政府采购监督管理部门投诉。
投诉材料：投诉时，供应商应提交投诉书，并附上相关证明材料。投诉书应明确投诉事项、事实依据和法律依据，以便监督管理部门进行调查和处理。
四、监督管理部门处理
处理程序：县级以上各级人民政府财政部门负责依法处理供应商投诉。财政部门在处理投诉事项期间，可以视具体情况书面通知采购人和采购代理机构暂停采购活动，暂停采购活动时间最长不得超过30日。
处理结果：财政部门将根据调查结果作出处理决定，并通知投诉供应商和采购人。如果投诉成立，财政部门将责令采购人改正违法行为，并可能给予相应的行政处罚。
五、特殊情况处理
如果采购合同已经签订：在财政部门书面通知采购人和采购代理机构暂停采购活动的情况下，采购人和采购代理机构应当暂停采购活动，包括合同的签订与履行。这意味着，如果甲方对评标结果有疑问并提起投诉，且财政部门决定暂停采购活动，那么已经签订的合同也可能需要暂停履行。
质疑成立但未影响中标结果：如果采购人、代理机构认为供应商质疑成立，但未对中标、成交结果构成影响的，可以继续开展采购活动。然而，如果质疑成立且影响了中标结果，那么可能需要重新确定中标供应商或重新开展采购活动。
六、建议与注意事项
及时沟通：在提出质疑前，甲方可以尝试与采购人或采购代理机构进行沟通，了解评标结果的详细情况和依据，看是否能够通过沟通解决问题。
保留证据：甲方在提出质疑和投诉时，应保留好相关证据材料，如采购文件、评标记录、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
遵循法律程序：甲方在处理对评标结果的疑问时，应严格遵循法律程序和规定，确保自己的权益得到合法保护。
综上所述，当甲方对评标结果存在疑问时，应首先提出书面质疑，并等待采购人的答复。如果对答复不满意或采购人未在规定时间内答复，可以向同级政府采购监督管理部门投诉。在处理过程中，甲方应保留好相关证据材料，并遵循法律程序和规定。