结论：法人持有99%的股权，并不直接决定其能否冻结公司账户。能否冻结公司账户，主要取决于是否存在合法的债权债务关系以及是否通过法律程序进行。

详细分析：

1. 股权与账户冻结的关系：

   • 股权是股东对公司享有的权益，它代表了股东在公司中的所有权份额。而公司账户是公司进行资金收付的银行账户，属于公司财产的一部分。
   • 股权的多少，并不直接决定股东能否冻结公司账户。股东不能仅凭其股权比例就要求冻结公司账户，因为这涉及到公司财产的独立性和保护其他股东、债权人的利益。

2. 合法债权债务关系：

   • 如果法人（或其代表的公司）与公司之间存在合法的债权债务关系，且债务到期未清偿，那么法人（或其代表的公司）作为债权人，有权通过法律程序要求冻结公司账户以保障其债权。
   • 在这种情况下，冻结公司账户需要依据相关法律法规，如《民事诉讼法》等，通过向法院申请财产保全等措施来实现。

3. 法律程序的要求：

   • 冻结公司账户必须遵循严格的法律程序。通常，这需要债权人向法院提出申请，并提供充分的证据证明其债权存在且债务人未履行清偿义务。
   • 法院在审查申请后，如果认为符合法律条件，会作出冻结公司账户的裁定，并通知相关银行执行。

4. 特殊情况：

   • 如果法人同时是公司的控股股东或实际控制人，且存在滥用股东权利、损害公司或其他股东利益的行为，那么其他股东或公司债权人可能通过法律途径追究其责任，并可能涉及对公司账户的冻结。但这仍然需要依据具体的法律事实和程序来进行。

法律建议：

• 如果您作为法人或股东，希望了解如何合法地保护自己的权益或追讨债务，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序和策略。
• 如果您担心公司账户被非法冻结或存在其他法律风险，也应及时咨询律师，以便采取必要的法律措施进行防范和应对。

可能后果：

• 如果未经法律程序擅自冻结公司账户，可能构成违法行为，需要承担相应的法律责任。
• 如果通过合法程序冻结公司账户，但后续被证明冻结行为不当或债权不存在，那么冻结方可能需要承担赔偿损失等法律责任。

总之，法人持有99%的股权并不直接决定其能否冻结公司账户。能否冻结取决于是否存在合法的债权债务关系以及是否通过法律程序进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。